Penerapan prinsip kewajaran dalam transaksi afiliasi kembali menjadi medan tempur legalitas antara Wajib Pajak dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), sebagaimana terpotret dalam Putusan ini. Sengketa ini membedah limitasi DJP sebagai otoritas pajak dalam melakukan koreksi laba melalui metode Transactional Net Margin Method (TNMM) yang seringkali hanya bertumpu pada data statistik tanpa melihat realitas operasional perusahaan. Inti konflik berpusat pada penentuan comparable search yang menjadi fondasi dalam menentukan apakah laba entitas sudah sesuai dengan harga pasar (arm’s length).
DJP melakukan koreksi signifikan setelah menilai bahwa PT UI, sebagai perusahaan yang bergerak di bidang jasa penunjang, melaporkan laba yang tidak wajar. Menggunakan database komersial, DJP menarik sekelompok perusahaan pembanding yang memiliki margin jauh di atas PT UI. Di sisi lain, PT UI membantah dengan argumen bahwa pembanding tersebut tidak "apple-to-apple" karena mencakup perusahaan dengan kepemilikan hak paten dan fungsi pemasaran yang tidak dimiliki oleh PT UI sebagai penyedia jasa berisiko terbatas.
Majelis Hakim dalam resolusinya menekankan bahwa kesebandingan bukan sekadar kesamaan kode industri, melainkan kesamaan substansi ekonomi. Majelis melakukan eliminasi terhadap pembanding yang memiliki profil fungsi yang tidak setara, seperti perusahaan yang memiliki biaya R&D tinggi atau yang beroperasi di pasar dengan karakteristik ekonomi yang jauh berbeda. Hasilnya, laba wajar dihitung kembali dengan parameter yang lebih adil, yang berujung pada putusan Kabul Sebagian.
Majelis membatalkan koreksi atas selisih harga pembelian dari pihak afiliasi (PT UMI), biaya Pembelian Batu Bara, dan biaya operasional pemasaran karena PT UI berhasil membuktikan eksistensi barang-barang tersebut dan bahwa biaya-biaya tersebut memang benar-benar dibutuhkan dalam proses produksi serta dapat dikurangkan dari penghasilan bruto. Namun, Majelis mempertahankan koreksi DJP atas biaya perjalanan dinas dan survey, biaya Land Clearance & Retribusi Desa, biaya perizinan, biaya operasional, biaya pemasaran, dan biaya entertainment karena dianggap kurangnya bukti pendukung yang kuat.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa dokumentasi harga transfer (TP Doc) yang kuat bukan sekadar formalitas, melainkan alat bukti vital di persidangan. Wajib Pajak harus mampu membuktikan secara naratif dan kuantitatif mengapa sebuah perusahaan pembanding layak atau tidak layak digunakan. Selain itu, alat bukti berupa dokumen pendukung juga memegang peranan krusial dalam memenangkan sengketa perpajakan. Bagi praktisi pajak, kasus ini menjadi preseden bahwa Pengadilan Pajak bersedia menguji secara detail aspek mikro dari setiap perusahaan pembanding yang diajukan oleh DJP.