Sengketa ini bermula dari pemeriksaan terhadap PT SGN yang menghasilkan koreksi signifikan berupa reklasifikasi penyerahan dari yang "Dipungut oleh Pemungut PPN" menjadi "Harus Dipungut Sendiri". Inti konflik muncul ketika Terbanding (DJP) bersikersih bahwa tanpa bukti fisik Surat Setoran Pajak (SSP) Lembar ke-3 dari kontraktor KKS (Kontrak Kerja Sama), PPN dianggap belum disetor ke kas negara, sehingga tanggung jawab penyetoran dialihkan kembali kepada Pemohon Banding selaku rekanan. Namun, Pemohon Banding membantah dengan tegas bahwa sebagai rekanan KKKS, kewajiban mereka secara hukum hanya sampai pada penerbitan Faktur Pajak, sementara mekanisme pemungutan dan penyetoran sepenuhnya berada di bawah otoritas Pemungut PPN sesuai mandat PMK-73/PMK.03/2010.
Majelis Hakim dalam resolusinya memberikan kepastian hukum dengan menyatakan bahwa ketiadaan SSP Lembar ke-3 tidak dapat dijadikan dasar hukum untuk mengubah status penyerahan. Berdasarkan Pasal 16A UU PPN, kewajiban memungut dan menyetor PPN atas transaksi dengan Pemungut PPN mutlak berada pada pihak pemungut itu sendiri. Pengadilan menekankan bahwa efektivitas SE-17/PJ/2013 telah memperjelas bahwa SSP tersebut bukan syarat kelengkapan pelaporan bagi rekanan. Keputusan ini memiliki implikasi krusial bagi praktik perpajakan, menegaskan bahwa risiko kegagalan administratif atau kepatuhan oleh Pemungut PPN tidak boleh dibebankan kepada Wajib Pajak rekanan selama kewajiban penerbitan Faktur Pajak telah dipenuhi. Kesimpulannya, hak tagih negara atas PPN kepada Pemungut tetap ada, namun tidak dapat dialihkan menjadi koreksi positif pada omzet "dipungut sendiri" bagi rekanan secara sepihak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini