Sengketa ini bermula ketika Direktur Jenderal Pajak (DJP) menerbitkan Surat Nomor S-4808/WPJ.07/2017 yang menyatakan bahwa permohonan keberatan PT MDI tidak dapat dipertimbangkan karena dianggap tidak memenuhi syarat formal Pasal 25 ayat (2) UU KUP. Tergugat berargumen bahwa alasan keberatan yang diajukan Penggugat terlalu umum dan tidak merinci bantahan atas tiap pos koreksi hasil pemeriksaan PPN, sehingga proses keberatan dihentikan seketika tanpa masuk ke pemeriksaan materi.
Inti konflik hukum ini terletak pada interpretasi ambang batas "alasan yang jelas" dalam pengajuan keberatan. Penggugat menegaskan bahwa dengan menyatakan seluruh Pajak Keluaran dan Pajak Masukan telah sesuai ketentuan, mereka telah memenuhi aspek legalitas formal. Sebaliknya, Tergugat bersikeras bahwa tanpa rincian per pos, surat keberatan tersebut cacat hukum dan tidak memiliki kekuatan untuk memproses keberatan lebih lanjut.
Majelis Hakim dalam pendapat hukumnya memberikan resolusi yang berpihak pada kepastian hukum Wajib Pajak. Hakim berpendapat bahwa secara gramatikal, alasan yang disampaikan Penggugat sudah cukup menjelaskan posisi mereka yang menolak seluruh koreksi. Majelis menegaskan bahwa jika otoritas pajak merasa alasan tersebut kurang detail, prosedur yang benar menurut PMK 9/PMK.03/2013 adalah meminta keterangan tambahan atau data pendukung, bukan secara sepihak memutus hak Wajib Pajak untuk mendapatkan keadilan administratif melalui penolakan formal.
Analisis dan dampak dari putusan ini menegaskan supremasi hak prosedural Wajib Pajak atas formalisme administratif yang kaku. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa surat dinas (kode S) yang memutus akses terhadap upaya hukum keberatan adalah objek gugatan yang sah dan dapat dibatalkan jika melampaui kewenangan interpretasi otoritas pajak. Kesimpulannya, pengadilan pajak mewajibkan DJP untuk tetap memproses keberatan PT MDI selama syarat kumulatif lainnya terpenuhi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini