Direktur Jenderal Pajak (DJP) melalui KPP Pratama Lhokseumawe terbukti melakukan kekeliruan prosedural fatal dengan menolak keberatan PT PIM karena dianggap melewati jangka waktu tiga bulan. Sengketa ini bermula ketika Tergugat menerbitkan surat penolakan formal dengan dalih bahwa permohonan keberatan baru tercatat secara sistem pada 2 Mei 2024, sementara batas akhir jatuh pada 1 Mei 2024. Padahal, Penggugat secara faktual telah menyerahkan dokumen tersebut melalui Tempat Pelayanan Terpadu (TPT) sejak 18 April 2024, namun petugas menunda perekaman resmi karena menuntut dokumen tambahan berupa "surat pernyataan edukasi" yang tidak memiliki landasan hukum dalam UU KUP maupun PMK terkait.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menegaskan bahwa berdasarkan Pasal 25 ayat (5) UU KUP, tanda penerimaan surat yang diberikan oleh petugas DJP kepada Wajib Pajak merupakan bukti sah tanggal diterima. Penggunaan formulir "Bukti Penerimaan Surat/Dokumen Lain" oleh petugas saat menerima surat keberatan pada 18 April 2024 tidak dapat meniadakan hak substantif Wajib Pajak hanya karena kendala administratif internal atau persyaratan tambahan yang dibuat-buat oleh otoritas pajak. Hakim menilai tindakan Tergugat yang baru merekam BPS keberatan pada 2 Mei 2024 sebagai bentuk ketidaktertiban administrasi yang merugikan hak konstitusional Wajib Pajak dalam menempuh jalur hukum.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan karena mempertegas bahwa validitas formal sebuah keberatan ditentukan oleh tanggal penyerahan fisik atau pengiriman dokumen, bukan tanggal perekaman data dalam sistem internal DJP (SIDJP). Putusan ini menjadi preseden penting bagi Wajib Pajak untuk selalu menyimpan bukti tanda terima sementara atau nomor urut penerimaan dokumen dari TPT sebagai senjata hukum utama. Dengan dikabulkannya gugatan ini, maka Surat Tergugat Nomor S-339/WPJ.25/2024 dinyatakan batal demi hukum, dan DJP diwajibkan untuk memproses materi keberatan Penggugat sesuai ketentuan yang berlaku.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini