Sengketa perpajakan ini berawal dari koreksi Terbanding atas PPN Pemanfaatan Jasa Kena Pajak (JKP) dari Luar Daerah Pabean Masa Pajak Oktober 2015 akibat kesalahan pencantuman Kode Jenis Setoran (KJS) pada Surat Setoran Pajak (SSP). PT. VI (Pemohon Banding) secara tidak sengaja menggunakan KJS 900 yang diperuntukkan bagi Pemungut PPN Dalam Negeri, alih-alih KJS 102 untuk Pemanfaatan JKP Luar Negeri, meskipun secara materiil pajak telah disetorkan ke Kas Negara.
Konflik utama berpusat pada interpretasi syarat formal dan material dokumen yang dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana diatur dalam Pasal 13 UU PPN dan PMK Nomor 40/PMK.03/2010. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) berargumen bahwa kesalahan KJS menyebabkan SSP tersebut tidak sah sebagai bukti pungutan PPN JKP Luar Negeri, mengingat status PT. VI bukan lagi pemungut (WAPU) sejak amandemen Kontrak Karya. Sebaliknya, PT. VI menegaskan prinsip substance over form, di mana keberadaan Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN) pada SSP merupakan bukti tak terbantahkan bahwa uang telah masuk ke Rekening Kas Umum Negara.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menyatakan bahwa esensi dari pemungutan pajak adalah masuknya dana ke Kas Negara. Validasi NTPN dan NTB dari Bank Persepsi menunjukkan bahwa kewajiban perpajakan telah terpenuhi secara substansi. Majelis menegaskan bahwa kesalahan administratif murni dalam penulisan KJS tidak boleh menghilangkan hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan, apalagi jika mengakibatkan pengenaan pajak berganda atas objek yang sama.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi praktik perpajakan di Indonesia, yakni penguatan supremasi kebenaran materiil di atas formalitas administratif. Bagi Wajib Pajak, kasus ini menjadi pengingat vital untuk memperketat supervisi pengisian dokumen setoran pajak guna menghindari proses litigasi yang panjang. Kemenangan PT. VI menegaskan bahwa selama pajak telah dibayar dan dapat dibuktikan dengan NTPN, kekeliruan administratif seharusnya dapat diselesaikan melalui mekanisme pembetulan atau pemindahbukuan (Pbk), bukan melalui koreksi yang membatalkan hak pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini