Sengketa ini berpusat pada penggunaan SPT Tahunan PPh Orang Pribadi yang tidak sah sebagai dasar tunggal koreksi omzet dalam pemeriksaan pajak secara jabatan. Direktur Jenderal Pajak (Tergugat) menerbitkan SKPKB PPN atas nama Tuan A dengan menetapkan omzet sebesar Rp20 miliar, yang berujung pada kewajiban PPN yang signifikan bagi Wajib Pajak yang mengeklaim dirinya sebagai Pengusaha Kecil.
Inti konflik muncul ketika Tergugat menggunakan data dari SPT Tahunan PPh OP Tahun 2016 yang dilaporkan secara manual namun tidak ditandatangani oleh Wajib Pajak. Penggugat menyatakan bahwa SPT tersebut dilaporkan oleh pihak ketiga tanpa izin dan mengandung data yang tidak akurat. Selain itu, Penggugat mendalilkan adanya cacat prosedur dalam pemeriksaan karena surat-surat resmi (SP2 dan SPHP) tidak diterima langsung olehnya, serta menegaskan bahwa berdasarkan arus bank, omzet riilnya masih di bawah ambang batas Pengusaha Kena Pajak (PKP).
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menekankan aspek materialitas dan validitas bukti. Fakta persidangan menunjukkan bahwa dokumen SPT yang menjadi dasar koreksi Tergugat memang kosong pada kolom tanda tangan, yang secara regulasi (SE-01/PJ/2016) seharusnya dikategorikan sebagai SPT tidak lengkap/tidak sah. Majelis menerapkan prinsip in dubio contra fiscum, yang berarti dalam kondisi keraguan hukum yang material, keputusan harus memihak pada Wajib Pajak. Hakim juga memvalidasi bukti mutasi bank Penggugat yang menunjukkan omzet hanya sekitar Rp2,34 miliar setahun.
Resolusi hukum dalam putusan ini menyatakan bahwa Keputusan Tergugat harus dibatalkan karena berdiri di atas landasan fakta yang rapuh dan tidak sah secara hukum. Amar putusan mengabulkan seluruh gugatan Penggugat dan memerintahkan pembatalan SKPKB PPN menjadi nihil. Hal ini menegaskan bahwa otoritas pajak tidak dapat mengabaikan aspek formal kelengkapan dokumen (seperti tanda tangan) dalam menggunakan data pihak ketiga untuk menetapkan pajak secara jabatan.
Implikasi dari putusan ini bagi praktik perpajakan adalah penguatan perlindungan hak Wajib Pajak terhadap penetapan pajak yang bersifat estimatif tanpa dukungan bukti kompeten. Bagi Wajib Pajak, kasus ini menjadi pelajaran penting untuk rutin memantau status pelaporan pajak dan segera menyanggah data yang tidak sesuai. Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa pemeriksaan pajak harus didasarkan pada data yang valid secara hukum dan prosedur yang tertib administrasi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini