Pengadilan Pajak secara eksplisit menolak gugatan PT GWJ terkait Surat Pengembalian Permohonan Pengurangan atau Pembatalan Surat Ketetapan Pajak (SKP) yang Tidak Benar, menegaskan bahwa formalitas prosedural harus dipenuhi secara mutlak, terutama dalam konteks batas waktu pengajuan permohonan kedua. Keputusan ini, yang didasarkan pada Pasal 14 ayat (6) Peraturan Menteri Keuangan Nomor 8/PMK.03/2013 (PMK 8/2013), memperkuat prinsip bahwa upaya hukum administratif yang diajukan melampaui jangka waktu yang ditentukan akan dianggap cacat formal dan tidak dapat memicu penerapan asas fiktif positif sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP).
Konflik inti dalam kasus ini bermula dari Surat Direktur Jenderal Pajak (DJP) Nomor S-430/PJ/WPJ.24/2023, yang merupakan tindakan administratif pengembalian permohonan PT GWJ. Pihak PT GWJ berargumen bahwa Surat S-430 harus dibatalkan karena diterbitkan melampaui batas waktu 6 bulan, sehingga permohonan pembatalan SKP seharusnya dianggap dikabulkan (fiktif positif). Dalil ini didukung oleh argumen bahwa SKPKB dan Surat S-430 diterbitkan oleh Kepala KPP/Kanwil yang kewenangannya didasarkan pada Keputusan DJP yang hanya bersifat internal. Sebaliknya, DJP mempertahankan bahwa permohonan PT GWJ adalah permohonan yang kedua, yang diajukan 14 bulan setelah keputusan pertama, jauh melampaui batas waktu 3 bulan yang diwajibkan PMK 8/2013. Menurut DJP, S-430 hanyalah surat pengembalian karena cacat formal dan bukan keputusan substantif, sehingga ketentuan fiktif positif tidak berlaku.
Dalam resolusinya, Majelis Hakim dengan tegas memenangkan argumen DJP. Pertimbangan hukum Majelis menyatakan bahwa ketentuan batas waktu 3 bulan untuk pengajuan permohonan kedua, sesuai Pasal 14 ayat (6) PMK 8/2013, adalah syarat formal yang wajib dipenuhi PT GWJ. Pelanggaran terhadap batas waktu ini menjadikan permohonan cacat hukum sejak awal. Oleh karena itu, tindakan DJP menerbitkan Surat S-430 sebagai Surat Pengembalian permohonan adalah sah dan sesuai dengan prosedur. Majelis secara implisit menolak dalil fiktif positif PT GWJ, menekankan bahwa asas tersebut hanya relevan apabila permohonan telah memenuhi syarat formal untuk diproses substansinya. Selain itu, Majelis turut menolak argumen ketidakabsahan pejabat, menegaskan bahwa pelimpahan wewenang dari Dirjen Pajak kepada pejabat di bawahnya melalui KEP internal adalah mekanisme Mandat yang sah dan produk hukumnya tetap mengikat secara eksternal.
Analisis putusan ini menunjukkan dampak signifikan dari kelalaian prosedural dalam litigasi perpajakan. Bagi Wajib Pajak, preseden ini menjadi peringatan keras bahwa pintu masuk untuk membahas substansi sengketa (materi SKP) akan tertutup rapat jika terdapat kecacatan formal yang tidak dapat dihindari. Majelis Hakim telah memberikan penegasan kuat mengenai perbedaan antara "Keputusan" substantif yang tunduk pada fiktif positif dengan "Surat Pengembalian" yang bersifat administratif prosedural. Implikasi putusan ini menegaskan bahwa kepatuhan Wajib Pajak terhadap batas waktu administratif, terutama pada upaya pengajuan permohonan kedua, adalah faktor penentu dalam keberlanjutan proses penyelesaian sengketa di luar ranah pengadilan.
Kesimpulan yang dapat diambil adalah bahwa Wajib Pajak harus mengutamakan ketepatan waktu dan pemenuhan syarat formal dalam setiap upaya hukum administratif. Pelajaran penting dari kasus ini adalah bahwa strategi sengketa yang hanya berfokus pada isu pelampauan batas waktu 6 bulan dan asas fiktif positif akan gagal jika permohonan itu sendiri sudah cacat formal karena melanggar batas waktu pengajuan permohonan kedua.