Sengketa pengkreditan Pajak Masukan sebesar Rp400.000.000 pada PT IAK menjadi preseden penting mengenai supremasi substansi ekonomi atas formalitas administrasi e-faktur dalam transaksi pengembalian uang muka. Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas tiga Faktur Pajak yang diterbitkan lawan transaksi dengan deskripsi "Pengembalian Uang Muka Pembelian", yang dinilai menyimpang dari mekanisme pembatalan faktur sebagaimana diatur dalam PMK Nomor 151/PMK.03/2013 dan PER-24/PJ/2012. Terbanding berargumen bahwa tidak ada perolehan BKP/JKP yang berhubungan langsung dengan kegiatan usaha, melainkan sekadar transaksi arus uang balik.
Di sisi lain, Pemohon Banding memberikan pembelaan bahwa transaksi tersebut adalah realitas bisnis yang tak terhindarkan akibat penurunan omzet distributor selama pandemi COVID-19, sehingga sisa uang muka harus dikembalikan. Pemohon menekankan bahwa PPN telah dipungut dan disetor pada saat uang muka diterima, sehingga pengkreditan saat uang muka dikembalikan merupakan penyeimbang beban pajak yang adil. Terlebih, kendala teknis pada sistem e-faktur seringkali menyulitkan pembatalan parsial atas uang muka yang telah dilaporkan pada masa sebelumnya.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengakui bahwa secara administratif Pemohon Banding memang tidak mengikuti prosedur pembatalan Faktur Pajak sesuai regulasi. Namun, berdasarkan bukti arus uang dan dokumen pendukung, Majelis meyakini kebenaran materiil transaksi tersebut. Resolusi hukum diambil dengan mengedepankan prinsip substance over form; sepanjang pajak telah disetor ke kas negara dan tidak ada indikasi kerugian pendapatan negara, hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan harus dilindungi. Putusan ini menegaskan bahwa kepatuhan formal tidak boleh menegasikan keadilan substansial bagi Wajib Pajak yang beriktikad baik.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini