Sengketa bermula ketika Terbanding melakukan koreksi atas Pajak Masukan PT CRI Masa Pajak Oktober 2012 sebesar Rp 627.111.688,00 dengan dalih jawaban konfirmasi Faktur Pajak dari KPP lawan transaksi berstatus "Tidak Ada", yang mengindikasikan supplier tidak melaporkan PPN tersebut dalam SPT-nya. Terbanding menggunakan pendekatan formalitas administratif berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754/PJ./2001 untuk menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan Pemohon Banding, dengan anggapan bahwa ketidaktersediaan data di sistem DJP merupakan bukti ketidakabsahan transaksi.
Namun, inti konflik ini terletak pada pertentangan antara prosedur administratif konfirmasi dengan fakta material transaksi. PT CRI secara tegas membantah koreksi tersebut dengan menyajikan bukti konkret berupa Faktur Pajak asli, invoice, serta bukti arus uang melalui rekening koran yang menunjukkan pembayaran harga barang beserta PPN kepada supplier. Pemohon Banding berargumen bahwa sebagai pembeli yang beritikad baik, mereka tidak seharusnya memikul tanggung jawab atas kelalaian supplier dalam menjalankan kewajiban pelaporannya, sebagaimana ditegaskan dalam filosofi Pasal 33 UU KUP mengenai tanggung jawab renteng.
Majelis Hakim dalam resolusinya memberikan pendapat hukum yang sangat fundamental. Hakim menegaskan bahwa kebenaran material harus diutamakan di atas prosedur formal konfirmasi. Sepanjang pembeli dapat membuktikan bahwa transaksi tersebut benar-benar terjadi (arus barang ada) dan PPN telah dibayar kepada penjual (arus uang terbukti), maka hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan tetap terlindungi secara hukum. Majelis berpendapat bahwa mekanisme konfirmasi hanyalah alat bantu pengawasan bagi fiskus dan bukan merupakan syarat mutlak yang dapat menggugurkan hak konstitusional Wajib Pajak jika terjadi kegagalan administratif di pihak ketiga.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum yang sangat krusial bagi Wajib Pajak di Indonesia. Putusan ini memperkuat posisi bahwa selama sistem self-assessment dijalankan dengan itikad baik dan didukung bukti dokumentasi yang kuat, kesalahan pihak lawan transaksi (supplier) tidak dapat secara otomatis ditimpakan kepada pembeli. Secara strategis, Wajib Pajak disarankan untuk selalu menyimpan bukti arus uang dan arus barang secara rapi karena dokumen-dokumen inilah yang menjadi "benteng pertahanan" utama saat menghadapi koreksi akibat jawaban konfirmasi "Tidak Ada".
Kesimpulannya, Majelis Hakim membatalkan seluruh koreksi Terbanding karena Pemohon Banding berhasil membuktikan validitas transaksi. Kemenangan ini menegaskan kembali bahwa hukum pajak Indonesia tetap menjunjung tinggi aspek keadilan bagi Wajib Pajak yang patuh, sehingga beban administratif supplier tidak beralih menjadi sanksi finansial bagi pembeli.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini