Kasus sengketa Harga Pokok Penjualan (HPP) PPh Badan ini menyoroti diskrepansi fundamental antara pemenuhan syarat deductibility biaya berdasarkan Pasal 6 ayat (1) UU PPh dan kepatuhan administrasi perpajakan yang ketat. PT KMP, sebuah perusahaan di sektor pengadaan alat kesehatan, menghadapi koreksi HPP sebesar Rp23.298.675.301 yang dilakukan oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP). Koreksi material ini disebabkan kegagalan PT KMP dalam menyajikan dokumentasi yang lengkap dan kompeten, diperparah dengan temuan bahwa Faktur Pajak Masukan dari supplier tidak dilaporkan atau disetorkan PPN-nya ke kas negara, sebuah isu yang memicu keraguan DJP atas keabsahan transaksi. Persoalan utamanya adalah sejauh mana kegagalan formal supplier dapat menggugurkan biaya yang secara substansi diyakini riil oleh pembeli.
Argumen koreksi DJP berlandaskan pada Pasal 28 dan Pasal 29 UU KUP, menekankan bahwa PT KMP tidak dapat membuktikan arus uang dan barang secara memadai. Faktur/Invoice yang diajukan dianggap cacat karena tidak mencantumkan detail supplier secara lengkap (NPWP/alamat). Yang lebih memberatkan, data DJP menunjukkan adanya indikasi supplier tidak menyetorkan PPN, yang memperkuat dugaan transaksi fiktif atau diragukan keabsahannya, sehingga koreksi HPP dianggap sesuai dengan ketentuan Pasal 6 ayat (1) UU PPh.
Di sisi lain, PT KMP melakukan bantahan keras. Mereka membuktikan bahwa barang yang dibeli tersebut riil karena telah dijual kembali kepada Bendaharawan Pemerintah, sebuah penjualan yang diakui sepenuhnya oleh DJP. Oleh karena itu, pembelian adalah biaya yang secara langsung terkait untuk mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan (3M). PT KMP berargumen bahwa penolakan biaya HPP secara keseluruhan akan meningkatkan Gross Profit Margin (GPM) mereka menjadi 36,1%, angka yang dianggap tidak masuk akal dan jauh di atas kelaziman usaha dalam sektor pengadaan pemerintah. Bagi PT KMP, penolakan biaya hanya karena ketidakpatuhan supplier adalah kesalahan penerapan hukum.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara cermat memisahkan dua komponen koreksi: Harga Pokok Pembelian (DPP) dan PPN yang dibiayakan.
1. Keputusan atas DPP Pembelian (Rp21.184.948.727): Majelis membatalkan koreksi ini. Pertimbangan Majelis adalah bahwa substansi transaksi harus diutamakan. Karena arus barang keluar (penjualan) diakui, dan mempertahankan koreksi akan menghasilkan GPM yang tidak wajar, maka biaya tersebut adalah riil dan dapat dibebankan berdasarkan Pasal 6 ayat (1) UU PPh.
2. Keputusan atas PPN yang Dibiayakan (Rp2.118.494.871,60): Majelis mempertahankan koreksi ini (ditolak). Meskipun PPN tersebut telah dibayar oleh PT KMP, fakta bahwa supplier tidak menyetorkan PPN ke kas negara (sebagaimana didukung data DJP) menjadi fatal. Majelis merujuk pada ketentuan tanggung jawab renteng sesuai Pasal 16 F UU PPN, yang secara implisit menegaskan bahwa PPN yang tidak disetor tidak dapat menjadi komponen biaya yang sah.
Putusan ini memberikan pelajaran penting: Pengadilan Pajak cenderung lebih menerima pembebanan biaya (HPP) sepanjang substansi riil dan kewajaran bisnis dapat dibuktikan, meskipun terdapat kelemahan formalitas. Namun, Majelis Hakim sangat ketat dalam isu yang menyangkut kerugian negara, seperti penolakan atas PPN yang dibiayakan karena supplier tidak menyetorkannya. Implikasi bagi Wajib Pajak adalah bahwa untuk transaksi material, pembuktian tidak cukup hanya dengan invoice pembelian, tetapi harus diikuti dengan pembuktian arus uang yang valid dan, yang terpenting, due diligence atas kepatuhan PPN supplier untuk menghindari beban PPN yang gagal diklaim/dibiayakan. Putusan ini mengukuhkan bahwa ketidakpatuhan supplier dapat membebani buyer melalui risiko PPN.
Sengketa PT KMP berakhir dengan Kabul Sebagian. Putusan ini menjadi preseden penting yang menyeimbangkan antara prinsip biaya 3M (Pasal 6 UU PPh) dan prinsip kepatuhan PPN (Pasal 16 F UU PPN). Wajib Pajak harus belajar untuk memperkuat dokumentasi transfer uang yang transparan dan proaktif dalam memverifikasi status Faktur Pajak supplier mereka.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini