Wajib Pajak (WP) harus memahami bahwa PPN Masukan yang tidak dapat dikreditkan memiliki hak istimewa untuk dibebankan sebagai biaya pengurang penghasilan bruto sesuai Pasal 6 ayat (1) huruf a Undang-Undang PPh, namun hak ini dapat hilang seketika jika berbenturan dengan ketentuan khusus, seperti yang dialami PT LTJLI dalam sengketa PPh Badan Tahun Pajak 2016. Sengketa ini berpusat pada koreksi fiskal positif atas Biaya PPN sebesar Rp224.778.325,00 yang diakui WP di laporan keuangannya. Koreksi ini muncul dari dua komponen PPN yang, menurut pandangan WP, seharusnya dapat dibiayakan. Pihak Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menolak pembebanan biaya ini karena dianggap tidak didukung oleh bukti dan dasar hukum yang memadai, terutama terkait ketiadaan rincian faktur pajak masukan yang non-kredit.
Inti konflik dalam putusan ini terbelah menjadi dua isu hukum yang berbeda. Untuk komponen PPN sebesar Rp106.737.518,00 yang merupakan PPN Kurang Bayar Desember 2016, Majelis Hakim membenarkan pembebanan biaya tersebut. Majelis secara konsisten menegakkan prinsip bahwa Pajak Masukan yang tidak dapat dikreditkan dapat dibebankan sepanjang dikeluarkan untuk kegiatan 3M (mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan), yang mana dalam kasus ini dinilai terpenuhi.
Namun, Resolusi Majelis Hakim berbalik 180 derajat untuk komponen senilai Rp118.040.807,00 yang berasal dari kompensasi PPN Lebih Bayar tahun 2015. Dengan mencermati fakta bahwa PT LTJLI adalah peserta Program Pengampunan Pajak (Tax Amnesty), Majelis secara tegas menerapkan Pasal 16 ayat (1) huruf d Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2016. Regulasi ini secara eksplisit melarang Wajib Pajak peserta Tax Amnesty untuk melakukan pembetulan Surat Pemberitahuan (SPT), termasuk SPT PPN, untuk masa pajak hingga akhir Tahun Pajak Terakhir (2015). Karena PPN Lebih Bayar yang dikompensasi ke tahun 2016 timbul dari pembetulan SPT Masa PPN Juli 2015, hak Pemohon Banding untuk mengkompensasi PPN tersebut dinyatakan gugur.
Analisis dan Dampak Putusan ini memberikan pelajaran krusial bagi seluruh Wajib Pajak di Indonesia. Putusan ini menyoroti bahwa kepatuhan terhadap norma PPh (pembebanan biaya 3M) tidak akan menyelamatkan Wajib Pajak jika terjadi pelanggaran terhadap norma khusus dan mengikat seperti yang diatur dalam Undang-Undang Pengampunan Pajak. Implikasi putusan ini menegaskan kekuatan hukum Pasal 16 UU Pengampunan Pajak sebagai norma pemutus sengketa, bahkan untuk transaksi yang terjadi setahun setelah program tersebut diselenggarakan. Keputusan ini mengharuskan Wajib Pajak untuk lebih teliti dalam manajemen pajak pasca-Tax Amnesty, memastikan tidak ada sisa-sisa transaksi masa lalu yang tereksekusi melalui pembetulan SPT yang dilarang.
Kesimpulan yang dapat diambil adalah bahwa Putusan Pengadilan Pajak yang mengabulkan sebagian permohonan banding ini mencerminkan keseimbangan antara penegakan prinsip deductibility PPh di satu sisi dan penegakan kepatuhan terhadap norma anti-pembetulan pasca-Tax Amnesty di sisi lain. Wajib Pajak harus berhati-hati dalam memanfaatkan PPN Masukan yang tidak dapat dikreditkan sebagai biaya dan secara mutlak mematuhi segala batasan yang timbul dari partisipasi dalam program pengampunan pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini