Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan sebesar Rp6.567.992.771,00 pada Masa Pajak Juni 2019 milik PT. MAI (dahulu PT. HLI). Otoritas pajak berargumen bahwa berdasarkan Pasal 9 ayat (9) UU PPN, Pajak Masukan yang tidak dilaporkan dalam SPT Masa PPN tidak dapat dikreditkan jika ditemukan saat pemeriksaan. Terbanding menganggap nilai tersebut sebagai "temuan baru" karena tidak muncul dalam kolom kompensasi kelebihan PPN dari masa sebelumnya pada SPT Masa Juni 2019 Pembetulan ke-1.
Fakta persidangan mengungkapkan bahwa PT. MAI sebenarnya telah melaporkan lebih bayar tersebut secara benar pada SPT Masa Mei 2019. Masalah muncul saat perusahaan melakukan Pembetulan ke-1 Masa Mei 2019 untuk menyesuaikan nilai ekspor tanpa mengubah nilai PPN. Secara sistemik, aplikasi e-Faktur menonaktifkan (disable) tombol ceklis kompensasi ke masa berikutnya, sehingga nilai tersebut tidak tertarik secara otomatis ke masa Juni 2019. Pemohon Banding menegaskan bahwa ini adalah murni kendala teknis sistem, bukan kesengajaan untuk tidak melaporkan.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menekankan prinsip substance over form dan keadilan hukum. Hakim menilai bahwa karena hakikat lebih bayar tersebut nyata adanya dan sudah dilaporkan di masa asalnya (Mei 2019), maka kegagalan administratif akibat glitch pada sistem e-Faktur milik Terbanding tidak boleh mengabaikan hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan. Hakim menyatakan bahwa sistem administrasi seharusnya memfasilitasi pemenuhan hak dan kewajiban, bukan justru menjadi penghalang bagi kebenaran materiil.
Insight Strategis: Kemenangan PT. MAI mempertegas bahwa validitas data materiil memegang kasta tertinggi dibandingkan formalitas sistemik yang cacat. Kasus ini menjadi preseden kuat bagi Wajib Pajak untuk melawan koreksi yang hanya berdasar pada kesalahan teknis aplikasi e-Faktur, selama bukti pelaporan awal dapat dipertanggungjawabkan secara sah.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini