Sengketa harga transfer (transfer pricing) pada PT E mencuat setelah Terbanding melakukan koreksi positif atas peredaran usaha senilai Rp 188.326.423.189,00 berdasarkan pengujian kepatuhan Arm's Length Principle. Fokus utama perselisihan ini terletak pada penerapan Metode Biaya Plus (Cost Plus Method/CPM) dan validitas pemilihan perusahaan pembanding eksternal untuk menguji kewajaran transaksi kontrak manufaktur kepada pihak afiliasi. Terbanding menilai tingkat keuntungan (mark up) Pemohon Banding berada di bawah rentang kewajaran, sehingga dilakukan penyesuaian signifikan yang berdampak pada peningkatan penghasilan neto fiskal secara drastis.
Inti konflik bermula ketika Terbanding menolak tujuh perusahaan pembanding yang diajukan Pemohon Banding dan menambahkan satu pembanding baru, CFL. Terbanding bersikeras menggunakan data tahun tunggal (single year) 2014 dengan alasan untuk mencerminkan kondisi ekonomi yang paling aktual saat transaksi terjadi. Sebaliknya, Pemohon Banding berargumen bahwa penggunaan data beberapa tahun (multiple years) dari 2012 hingga 2014 lebih akurat untuk memitigasi distorsi siklus bisnis. Selain itu, Pemohon Banding menolak pendekatan "whole-entity" yang diterapkan Terbanding, karena koreksi tersebut secara otomatis menyasar seluruh peredaran usaha, termasuk transaksi dengan pihak independen yang seharusnya tidak menjadi objek koreksi transfer pricing.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan menelaah ulang tingkat kesebandingan setiap perusahaan pembanding melalui analisis fungsional yang ketat. Majelis memutuskan untuk mengeliminasi sebagian besar pembanding, baik yang diajukan Terbanding maupun Pemohon Banding, karena ditemukan perbedaan signifikan pada intensitas Research and Development (R&D) dan karakteristik produk. Pada akhirnya, Majelis hanya menyisakan dua perusahaan pembanding yang dianggap sangat sebanding, yakni JJHPF Co. Ltd. dan DC. Terkait metode data, Majelis sependapat dengan Terbanding bahwa penggunaan single year data 2014 cukup memadai mengingat tidak ada kondisi ekonomi luar biasa pada industri terkait di tahun tersebut.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa dokumentasi transfer pricing (TP Doc) harus didukung oleh analisis fungsional yang sangat detail, terutama pada aspek intensitas biaya R&D sebagai filter kesebandingan. Meskipun Majelis mengabulkan sebagian permohonan dengan menghitung ulang rentang interkuartil, posisi Pemohon Banding tetap tertekan karena mark up yang dilaporkan masih di bawah titik median yang baru ditetapkan. Bagi wajib pajak lain, kasus ini menjadi peringatan bahwa pemilihan pembanding yang kurang akurat dapat menyebabkan runtuhnya argumentasi di persidangan, serta pentingnya memisahkan segmen transaksi afiliasi dan independen secara eksplisit dalam laporan keuangan untuk menghindari koreksi berbasis whole-entity.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini