Pengkreditan Pajak Masukan sering kali menjadi titik krusial dalam pemeriksaan pajak, terutama ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menemukan ketidaksesuaian administratif pada faktur pajak yang diterbitkan oleh vendor atau penjual. Dalam sengketa antara PT BD melawan otoritas pajak, inti konflik berpusat pada koreksi Pajak Masukan atas faktur yang tanggal penerbitannya dianggap mendahului tanggal pemberian Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) dari DJP kepada Pengusaha Kena Pajak (PKP) penjual. Terbanding berargumen bahwa berdasarkan PER-24/PJ/2012, faktur tersebut dikategorikan sebagai Faktur Pajak Tidak Lengkap, sehingga hak pengkreditan bagi pembeli otomatis gugur demi hukum.
Di sisi lain, PT BD selaku Pemohon Banding memberikan pembelaan kuat dengan bersandar pada substansi ekonomi dan prinsip tanggung jawab renteng sebagaimana diatur dalam Pasal 16F UU PPN. Wajib Pajak menegaskan bahwa seluruh transaksi adalah riil, didukung oleh arus barang dan arus uang yang valid, serta PPN telah dibayarkan kepada penjual. Kesalahan prosedural dalam penggunaan NSFP sepenuhnya merupakan ranah kepatuhan administratif penjual yang berada di luar kendali maupun otoritas pengawasan pembeli. Membebankan kesalahan administratif pihak ketiga kepada pembeli dianggap mencederai rasa keadilan dan melampaui batas tanggung jawab yang seharusnya dipikul oleh konsumen akhir atau pembeli dalam rantai PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya mengambil sikap progresif yang mengutamakan hak substansial Wajib Pajak. Majelis menyatakan bahwa faktur pajak yang disengketakan secara formal telah memenuhi syarat Pasal 13 ayat (5) UU PPN karena mencantumkan kode, nomor seri, dan tanggal. Mengenai isu NSFP yang mendahului tanggal pemberian, Majelis berpendapat bahwa hal tersebut adalah murni kelalaian PKP Penjual dalam manajemen administrasinya. Selama pembeli dapat membuktikan terjadinya transaksi dan pembayaran pajak, maka hak pengkreditan tetap dilindungi oleh undang-undang. Keputusan ini menegaskan bahwa sanksi administratif atas kesalahan penjual tidak dapat dialihkan (transferred) kepada pembeli yang telah bertindak dengan itikad baik.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum penting bagi pelaku usaha di Indonesia. Putusan ini memperkuat posisi bahwa pengkreditan Pajak Masukan tidak boleh digugurkan hanya karena alasan formal-administratif yang dilakukan oleh pihak lain, sepanjang kebenaran materiil transaksi dapat dibuktikan. Bagi PT BD, kemenangan ini memastikan pemulihan hak atas kelebihan pembayaran pajak yang dikoreksi secara tidak tepat. Secara luas, kasus ini menjadi pengingat bagi otoritas pajak untuk lebih selektif dalam menerapkan sanksi administratif agar tidak menghambat netralitas PPN bagi PKP pembeli.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini