Sengketa formalitas keberatan dalam perkara CV AMS bermula dari penolakan Tergugat (DJP) atas permohonan keberatan karena dianggap melanggar syarat pelunasan pajak minimal sebagaimana diatur dalam Pasal 25 ayat (3a) UU KUP. Tergugat menyatakan bahwa Penggugat belum melunasi jumlah pajak yang disetujui dalam Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan (PAHP) sebesar Rp9.721.924,00 karena adanya kesalahan input Kode Jenis Setoran (KJS) dari 310 (SKPKB PPh Final) menjadi 420 (PPh Final-WP Bruto Tertentu). Akibat kesalahan administratif ini, sistem DJP (SIDJP) tidak membaca adanya pelunasan atas nomor ketetapan terkait, sehingga keberatan dinyatakan tidak memenuhi syarat formal dan tidak dapat diproses lebih lanjut secara materiil.
Inti konflik ini terletak pada pertentangan antara kepastian hukum administratif digital dengan substansi keadilan bagi Wajib Pajak. Tergugat bersikukuh bahwa pelunasan harus sesuai dengan tata cara penulisan kode setoran yang benar agar dapat divalidasi oleh sistem. Di sisi lain, Penggugat berargumen bahwa kewajiban pelunasan secara substansi telah dilaksanakan sebelum keberatan diajukan, yang dibuktikan dengan NTPN yang sah. Penggugat juga menyoroti adanya maladministrasi dalam proses examination, di mana terdapat inkonsistensi antara identitas pemeriksa (KPP Gorontalo) dan instansi penerbit SPHP (KPP Watampone), yang memperkuat dasar gugatan mereka terhadap keputusan penolakan tersebut.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengambil posisi yang mengutamakan fakta materiil di atas formalitas teknis sistem informasi. Majelis menemukan bahwa meskipun terjadi kesalahan pemilihan KJS, dana tersebut telah masuk ke kas negara dan tercatat dalam sistem perbendaharaan. Penggugat dinilai memiliki itikad baik karena telah berulang kali mencoba melakukan permohonan pemindahbukuan (Pbk) sebelum dan sesudah gugatan diajukan. Majelis menegaskan bahwa kesalahan administratif dalam pengisian kode billing tidak serta-merta menghapus hak konstitusional Wajib Pajak untuk mendapatkan pemeriksaan keberatan, sepanjang pembayaran tersebut dapat dibuktikan keberadaannya dan ditujukan untuk masa pajak yang bersangkutan.
Resolusi hukum ini memberikan implikasi penting bagi praktik litigasi pajak di Indonesia, khususnya terkait batasan kewenangan DJP dalam menolak keberatan secara sepihak berdasarkan kendala sistem. Putusan ini menegaskan bahwa keberadaan sistem informasi pajak (SIDJP) seharusnya berfungsi sebagai alat bantu administrasi, bukan sebagai penghalang akses keadilan bagi Wajib Pajak yang telah menunaikan kewajiban finansialnya. Kesimpulannya, Majelis Hakim membatalkan surat penolakan Tergugat dan memerintahkan agar keberatan Penggugat diproses sesuai ketentuan yang berlaku. Kasus ini menjadi pengingat bagi otoritas pajak untuk lebih fleksibel dalam menangani kesalahan teknis yang tidak merugikan penerimaan negara secara nyata.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini