Sengketa perpajakan pada sektor hulu migas sering kali berpusat pada interpretasi fasilitas pembebasan pajak, sebagaimana dialami oleh CJO. Terbanding melakukan koreksi positif Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN senilai Rp3.134.462.373,00 pada Masa Pajak Mei 2022 atas penyerahan barang impor yang menggunakan fasilitas Masterlist milik B Ltd selaku Kontraktor Kontrak Kerja Sama (KKKS). Otoritas pajak berpendapat bahwa karena Pemohon Banding tidak menerbitkan Faktur Pajak dengan kode 03 dan mencatat transaksi tersebut dalam pembukuan sebagai persediaan atau pendapatan, maka fasilitas Masterlist tersebut tidak dapat diakui sebagai pengurang DPP PPN.
Inti konflik hukum ini terletak pada penerapan Pasal 10 ayat (3) PP No. 1 Tahun 2012, di mana Terbanding menegaskan bahwa setiap penyerahan BKP kepada Pemungut PPN wajib dipungut PPN kecuali dapat dibuktikan adanya skema reimbursement yang murni. Terbanding menilai skema kontrak EPC Turnkey yang dijalankan CJO tidak secara eksplisit memisahkan biaya impor Masterlist dalam faktur tagihan, sehingga dianggap sebagai penyerahan yang terutang PPN. Sebaliknya, Pemohon Banding membela posisinya dengan merujuk pada Perpres Nomor 57 Tahun 2017 tentang Proyek Strategis Nasional dan ketentuan fasilitas impor migas. Mereka berargumen bahwa DPP PPN seharusnya hanya dihitung dari nilai kontrak dikurangi nilai impor barang yang menggunakan Masterlist, karena barang tersebut secara hukum adalah milik negara/KKKS sejak awal melalui proses importasi menggunakan fasilitas negara.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi dengan mengedepankan prinsip substance over form. Dalam pertimbangannya, Majelis menyatakan bahwa fasilitas Masterlist secara hukum melekat pada pemilik proyek (B) untuk menunjang operasi hulu migas. Berdasarkan hasil uji bukti dan rekonsiliasi antara dokumen Masterlist, Pemberitahuan Impor Barang (PIB), dan nilai kontrak, terbukti bahwa item-item yang dikoreksi merupakan bagian dari barang impor yang mendapat fasilitas PPN tidak dipungut. Majelis juga menegaskan bahwa ketiadaan penerbitan Faktur Pajak kode 03 tidak secara otomatis menghilangkan hak atas fasilitas perpajakan yang bersifat absolut pada industri hulu migas.
Analisis atas putusan ini menunjukkan dampak signifikan bagi para kontraktor EPC di sektor energi. Putusan ini menegaskan bahwa sinkronisasi data operasional (logistik impor) dengan data komersial (tagihan/invoice) adalah kunci dalam memenangkan sengketa. Implikasi hukumnya, otoritas pajak tidak dapat semata-mata menggunakan pendekatan formalitas administrasi faktur pajak untuk menegasikan hak fasilitas yang telah diberikan oleh negara melalui skema Masterlist. Kesimpulannya, Majelis mengabulkan seluruh permohonan banding karena Pemohon Banding berhasil membuktikan bahwa nilai yang dikoreksi merupakan elemen biaya yang secara hukum memang dikecualikan dari pemungutan PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini