Sengketa pemungutan PPN atas impor barang modal dalam proyek EPC (Engineering, Procurement, and Construction) hulu migas sering kali terjebak dalam perdebatan administratif mengenai pencatatan akuntansi versus substansi fasilitas Masterlist. Kasus CJO melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) ini menegaskan bahwa penyerahan barang yang sejak awal mendapatkan fasilitas PPN tidak dipungut tidak dapat dikonversi menjadi DPP PPN yang harus dipungut oleh Pemungut PPN hanya karena masalah administratif faktur pajak atau pencatatan persediaan.
Konflik ini berakar pada koreksi Terbanding atas DPP PPN sebesar Rp 60,3 miliar pada Masa Pajak Juni 2022. Terbanding berargumen bahwa penyerahan barang dari CJO kepada BP Berau Ltd selaku KKKS adalah objek PPN karena barang tersebut dicatat sebagai persediaan oleh CJO dan tidak dirinci sebagai biaya impor dalam invoice tagihan progres. DJP memandang bahwa tanpa perincian biaya impor yang spesifik dan penggunaan mekanisme reimbursement murni, seluruh nilai tagihan dianggap sebagai penyerahan JKP/BKP yang terutang PPN.
Sebaliknya, CJO membantah dengan argumen bahwa proyek Tangguh Expansion Project (TEP) Train III adalah Proyek Strategis Nasional yang dilindungi oleh PMK Nomor 20/PMK.010/2005. Barang-barang tersebut diimpor menggunakan Masterlist atas nama BP Berau namun dilakukan oleh CJO sebagai kontraktor EPC. CJO menegaskan bahwa sesuai PMK Nomor 137/PMK.010/2018, impor BKP yang dibebaskan dari Bea Masuk secara otomatis mendapatkan fasilitas PPN tidak dipungut, sehingga nilai tersebut harus dikeluarkan dari perhitungan DPP PPN yang dipungut.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengedepankan prinsip substance over form. Hakim menilai bahwa barang-barang tersebut secara substansi adalah milik negara (melalui KKKS) yang diimpor untuk kepentingan operasi perminyakan. Fakta bahwa barang tersebut mendapatkan fasilitas Masterlist menunjukkan bahwa hak atas fasilitas "tidak dipungut" telah melekat sejak impor. Majelis juga merujuk pada pemeriksaan pajak pada pihak pembeli (B) yang tidak mempermasalahkan pemungutan PPN tersebut, sehingga konsistensi perlakuan pajak harus dijaga.
Putusan ini memberikan kepastian hukum bagi kontraktor EPC di sektor hulu migas. Secara implisit, Majelis Hakim menegaskan bahwa administratif pencatatan akuntansi tidak boleh menegasikan substansi fasilitas perpajakan yang bersifat khusus (lex specialis) dalam regulasi kepabeanan dan perpajakan migas. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini menjadi preseden penting bahwa integrasi data antara fasilitas impor and penyerahan hilir harus didukung oleh dokumen Masterlist yang kuat untuk menghindari koreksi serupa.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini