Sengketa PPN senilai ratusan juta rupiah muncul ketika otoritas pajak melakukan koreksi terhadap Pajak Masukan yang dianggap tidak memenuhi syarat formal E-Nofa dan jawaban konfirmasi yang tidak sesuai. Terbanding bersikeras bahwa validitas nomor seri faktur pajak dan keselarasan data dalam sistem DJP merupakan syarat mutlak pengkreditan. Namun, inti konflik bergeser pada penerapan prinsip substance over form dan perlindungan hukum bagi pembeli.
PT DH sebagai Pemohon Banding memberikan argumen defensif yang kuat dengan mengelevasi Pasal 16F UU PPN dan prinsip tanggung jawab renteng. Pemohon menegaskan bahwa kesalahan administratif vendor, baik itu keterlambatan permintaan NSFP maupun kegagalan pelaporan oleh penjual, tidak boleh menganulir hak pengkreditan pembeli selama transaksi tersebut riil. Bukti arus uang dan arus barang diposisikan sebagai instrumen pembuktian utama untuk meruntuhkan asumsi koreksi Terbanding.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengambil posisi yang progresif dengan mengutamakan kebenaran materiil. Melalui proses uji bukti yang rigit, Majelis berpendapat bahwa selama Pemohon Banding dapat membuktikan telah melakukan pembayaran PPN kepada penjual, maka beban tanggung jawab renteng telah beralih. Putusan ini menegaskan bahwa kegagalan sistemik atau administratif di sisi vendor (seperti isu E-Nofa) tidak secara otomatis menghapuskan hak pembeli yang telah memenuhi kewajiban finansialnya.
Analisis ini menunjukkan bahwa dokumen pendukung transaksi seperti kuitansi, rekening koran, dan surat jalan adalah "senjata" terpenting dalam litigasi PPN. Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bahwa pengkreditan Pajak Masukan tidak boleh hanya digantungkan pada kepatuhan pihak ketiga. Kesimpulan kasus ini memperkuat posisi Wajib Pajak yang memiliki administrasi dokumen yang rapi untuk melawan koreksi yang bersifat administratif semata.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini