Sengketa antara PT DH dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) bermula dari koreksi positif Pajak Masukan atas biaya perjalanan bisnis, layanan medis staf, dan masalah administratif faktur pajak. DJP berargumen bahwa biaya tersebut tidak memiliki hubungan langsung dengan kegiatan produksi, distribusi, pemasaran, dan manajemen perusahaan (3M). Selain itu, DJP mempermasalahkan validitas Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) yang mendahului tanggal surat pemberian nomor dari DJP serta adanya jawaban konfirmasi "Tidak Ada" dari vendor.
Namun, dalam persidangan, PT DH berhasil membuktikan bahwa biaya medis dan perjalanan merupakan bagian integral dari manajemen sumber daya manusia di sektor pertambangan yang memiliki risiko tinggi dan lokasi terpencil. Lebih lanjut, terkait sengketa formal faktur pajak dan konfirmasi vendor, Majelis Hakim menegaskan prinsip beban pembuktian pada arus uang dan arus barang. Selama Wajib Pajak dapat menunjukkan bukti pembayaran PPN (arus uang) kepada vendor, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap dilindungi oleh hukum, sesuai prinsip tanggung jawab renteng dalam Pasal 16F UU PPN.
Majelis Hakim akhirnya mengabulkan sebagian besar tuntutan PT DH setelah dilakukan uji bukti dokumen yang komprehensif. Putusan ini menegaskan bahwa kelalaian administratif vendor, seperti penggunaan NSFP yang tidak sinkron dengan sistem E-Nofa atau kegagalan vendor dalam melaporkan SPT, tidak boleh serta-merta menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan bagi pembeli yang beritikad baik. Implikasinya, Wajib Pajak harus sangat disiplin dalam mendokumentasikan bukti transfer bank dan kuitansi sebagai benteng pertahanan utama dalam sengketa PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini