Sengketa pengkreditan Pajak Masukan (PM) bagi rumah sakit sering kali menjadi medan konflik interpretasi antara Wajib Pajak dan otoritas pajak, terutama mengenai saat yang tepat untuk menerapkan pedoman penghitungan pengkreditan PM. Konflik ini berpusat pada penyerahan jasa yang terutang PPN (farmasi rawat jalan) dan yang tidak terutang PPN (rawat inap), di mana penggunaan BKP/JKP secara bersamaan sulit dipisahkan secara akurat di setiap masa pajak.
Terbanding melakukan koreksi PM sebesar Rp 257.565.707 karena Pemohon Banding dianggap tidak melakukan pemisahan pengkreditan PM secara proporsional pada setiap masa pajak (Juli-Desember 2018). Terbanding bersandar pada Pasal 9 ayat (6) UU PPN dan PMK 78/2010, berpendapat bahwa penghitungan harus dilakukan seketika pada masa pajak saat kredit dilakukan untuk mencegah klaim PM yang tidak sah.
Sebaliknya, Pemohon Banding (YDI) membantah dengan argumen bahwa meskipun mereka mengkreditkan PM secara penuh di setiap masa, mereka telah memenuhi kewajiban yuridis melalui mekanisme recalculating (penghitungan kembali) pada akhir tahun buku. Pemohon Banding membuktikan bahwa hasil penghitungan kembali tersebut telah dilaporkan pada SPT Masa PPN Maret 2019, sesuai relaksasi waktu yang diberikan oleh Pasal 4 dan Pasal 5 PMK 78/2010.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menyatakan bahwa Pasal 3 PMK 78/2010 tidak mengatur secara eksplisit kewajiban pemisahan PM di setiap masa pajak bagi PKP yang tidak dapat mengetahui dengan pasti penggunaan BKP/JKP. Majelis menekankan bahwa keadilan pajak terpenuhi ketika Wajib Pajak melakukan penyesuaian di akhir tahun buku. Mempertahankan koreksi Terbanding sementara Wajib Pajak sudah membayar selisihnya melalui mekanisme penghitungan kembali akan menciptakan beban pajak ganda (double payment) yang mencederai prinsip kepastian hukum.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi PKP dengan penyerahan campuran (mixed supplies), bahwa konsistensi dalam melakukan penghitungan kembali di akhir tahun buku merupakan instrumen perlindungan hukum yang valid. Putusan ini mengukuhkan bahwa mekanisme penyesuaian tahunan adalah prosedur yang setara secara hukum dengan penghitungan per masa dalam menentukan jumlah PM yang benar-benar dapat dikreditkan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini