Meskipun Wajib Pajak berada dalam status non-aktif operasional dan melaporkan penghasilan nihil, Pengadilan Pajak menegaskan bahwa hal tersebut tidak serta merta menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan (PM) sepanjang perolehan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) tersebut masih memiliki hubungan langsung dengan aktivitas fundamental atau kelangsungan usaha di masa mendatang, sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang PPN. Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-004952.16/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 yang melibatkan PT BML menyoroti dikotomi krusial antara kepatuhan formal Wajib Pajak dan pembuktian material yang dilakukan oleh Majelis Hakim, di mana kegagalan penyerahan dokumen di tingkat keberatan dihadapkan pada hasil konfirmasi faktur pajak yang membuktikan keabsahan transaksi.
PT BML, sebuah perusahaan smelter bijih timah, menghadapi koreksi PPN Masa Pajak Mei 2015 sebesar Rp4.728.363,00. Inti konflik bermula dari argumentasi Direktur Jenderal Pajak (DJP) yang secara formal mendasarkan koreksi pada kegagalan PT BML menyerahkan buku, catatan, dan dokumen pendukung lengkap (seperti General Ledger) selama proses Pemeriksaan dan Keberatan, sebuah pelanggaran serius terhadap kewajiban pembukuan sesuai Pasal 28 dan 29 Undang-Undang KUP. Akibatnya, DJP berpegangan pada Pasal 26A ayat (4) UU KUP untuk mengabaikan bukti yang baru disampaikan di tingkat Banding. Secara material, DJP berdalih bahwa karena PT BML tidak beroperasi (pendapatan nihil), PM tersebut dianggap tidak berhubungan langsung dengan kegiatan usaha.
Menghadapi tantangan ini, PT BML membantah argumentasi Terbanding. Mereka berargumen bahwa ketidakaktifan operasional disebabkan kendala perizinan dan modal, sementara biaya yang disengketakan (logistik, pergudangan, jasa konsultasi) merupakan biaya maintenance yang esensial untuk menjaga aset dan prospek usaha di masa depan, sehingga tetap memenuhi kriteria hubungan langsung. Terkait ketidakpatuhan formal, Pemohon Banding menyalahkan kondisi kepailitan perusahaan yang menyulitkan pengumpulan dokumen secara cepat.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak menyikapi sengketa ini secara terstruktur. Pertama, dalam aspek formal, Majelis mendukung tindakan DJP dan menolak untuk mempertimbangkan bukti yang baru diserahkan di Banding, menekankan pentingnya kepatuhan Wajib Pajak di setiap tahapan upaya hukum administratif. Kedua, dalam aspek material, Majelis justru menolak interpretasi sempit DJP mengenai hubungan langsung kegiatan usaha. Majelis berpendapat bahwa Wajib Pajak yang sedang tidak beroperasi tetap berhak mengkreditkan PM atas perolehan yang menunjang kelangsungan usahanya. Puncak resolusi sengketa ini adalah pengujian material yang dilakukan Majelis berdasarkan Kertas Kerja Pemeriksaan DJP, yaitu hasil Konfirmasi PKP Lain (PKPM). Dari total koreksi, PM sebesar Rp4.028.363,00 terbukti sah karena dikonfirmasi "ada" oleh PKP Penjual, sementara PM sebesar Rp700.000,00 dipertahankan koreksinya karena Konfirmasi PKPM menunjukkan hasil "Tidak ada".
Implikasi Putusan ini sangat jelas bagi praktik perpajakan, khususnya bagi perusahaan yang mengalami masa transisi, non-aktif, atau restrukturisasi. Putusan ini menjadi preseden bahwa Pengadilan Pajak akan memisahkan antara error formal dan error material. Walaupun Wajib Pajak gagal memenuhi kewajiban formal penyerahan dokumen, hak materialnya (pengkreditan PM) masih dapat diselamatkan jika bukti yang tersedia (seperti hasil Konfirmasi PKPM) menunjukkan kebenaran substansi transaksi. Pelajaran yang dapat ditarik adalah: bukti terkuat dalam sengketa PPN fiktif/tidak sah adalah konfirmasi dari pihak ketiga, dan Wajib Pajak harus berupaya maksimal untuk meminimalisir risiko formal sejak tahap pemeriksaan agar seluruh bukti pembelaan dapat dipertimbangkan. Majelis Hakim akhirnya mengabulkan sebagian Banding, yang secara efektif membatalkan 85% dari total koreksi PPN yang diajukan oleh DJP.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini