Majelis Hakim Pengadilan Pajak menegaskan bahwa keadilan materiil harus diutamakan di atas prosedur administrasi formal dalam sengketa pengurangan ketetapan pajak yang tidak benar. Kasus ini bermula ketika Penggugat dikenakan SKPKB PPN Masa Agustus 2018 melalui pemeriksaan jabatan karena dianggap tidak kooperatif dalam meminjamkan dokumen pembukuan. Namun, dalam proses gugatan berdasarkan Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP, Penggugat akhirnya menyajikan bukti invoice dan rekapitulasi penjualan yang selama ini belum dipertimbangkan oleh otoritas pajak.
Inti konflik terletak pada perbedaan metodologi penghitungan peredaran usaha. Tergugat menggunakan data pihak ketiga dan asumsi pembelian untuk menetapkan omzet secara jabatan, sementara Penggugat berargumen bahwa ketetapan tersebut jauh melampaui realitas transaksi ekonomi yang sebenarnya. Tergugat sempat bersikeras bahwa jalur Pasal 36 KUP hanyalah jalur administratif yang tidak seharusnya menguji materi yang sudah lewat waktu keberatan. Namun, Penggugat tetap memohonkan pemulihan hak atas ketetapan pajak yang dianggap tidak sesuai dengan fakta fisik transaksi.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengambil posisi yang progresif dengan melakukan uji bukti (matching) terhadap dokumen yang baru disampaikan Penggugat di persidangan. Hakim berpendapat bahwa fungsi Pengadilan Pajak adalah untuk mencari kebenaran materiil (material truth), sehingga bukti-bukti baru yang kredibel wajib dipertimbangkan meskipun tidak disampaikan saat pemeriksaan. Hasilnya, Hakim menemukan bahwa sebagian besar koreksi omzet Tergugat memang tidak didukung bukti yang kuat, namun di sisi lain, Hakim juga menolak pengkreditan Pajak Masukan Penggugat yang secara formal tidak memenuhi syarat sebagai Faktur Pajak yang sah.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak bahwa jalur gugatan Pasal 36 ayat (1) huruf b KUP tetap menjadi sarana litigasi yang efektif untuk mengoreksi kesalahan ketetapan pajak yang bersifat substansial. Walaupun pemeriksaan awalnya dilakukan secara jabatan, hak Wajib Pajak untuk membuktikan data yang sebenarnya di depan persidangan tetap dilindungi. Kesimpulannya, Majelis Hakim membatalkan sebagian ketetapan pajak tersebut dan menetapkan kembali jumlah pajak terutang berdasarkan bukti riil yang terungkap dalam persidangan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini