Menang Total di Pengadilan Pajak! Kemenangan Wajib Pajak Melawan Koreksi PPN Keluaran Atas Jasa Pelabuhan

Putusan Pengadilan Pajak Terkait PPN Jasa Kepelabuhanan PT MS

Penerapan ketentuan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas jasa kepelabuhanan seringkali memicu sengketa, khususnya ketika koreksi dilakukan melalui uji arus dan rekonsiliasi antara omzet komersial dan PPN Keluaran. Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-006212.16/2023/PP/M.XIIA Tahun 2025 yang mengabulkan permohonan Banding Pemohon Banding PT MS secara keseluruhan, memberikan penegasan yuridis krusial mengenai status jasa kepelabuhanan yang merupakan bagian integral dari jasa angkutan umum di air. Dalam konteks regulasi PPN, jasa angkutan umum di air, termasuk yang terkait erat dengannya, dikecualikan dari pengenaan PPN, sehingga menjadi Non-Jasa Kena Pajak (Non-JKP) atau diberikan fasilitas pembebasan PPN.

Inti Konflik Koreksi DPP PPN Keluaran atas Omzet Komersial

Inti konflik dalam kasus ini berakar pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Keluaran sebesar lebih dari Rp107 miliar yang dilakukan oleh Terbanding. Terbanding mendasarkan koreksi ini pada temuan selisih yang dihasilkan dari rekonsiliasi omzet Laporan Rugi Laba komersial dengan data PPN Keluaran Pemohon Banding. Dalam pandangan Terbanding, setiap selisih yang tidak tercantum dalam Faktur Pajak mengindikasikan adanya penyerahan Jasa Kena Pajak (JKP) yang belum dipungut PPN, sesuai ketentuan umum Pasal 4 ayat (1) huruf c Undang-Undang PPN.

Sanggahan Pemohon Banding Mengenai Pengecualian PPN Jasa Angkutan Air

Namun, Pemohon Banding dengan tegas membantah koreksi tersebut. Mereka berargumen bahwa pendapatan yang dikoreksi, meskipun tercatat sebagai omzet, sepenuhnya berasal dari penyerahan jasa kepelabuhanan yang terintegrasi dengan kegiatan pelayaran (angkutan umum di air) di wilayah Riau. Pemohon Banding berpegangan pada ketentuan perundang-undangan PPN dan peraturan pelaksana (misalnya, PMK Nomor 80/PMK.03/2012 dan SE-08/PJ.532/1999) yang secara eksplisit mengecualikan PPN atas jasa angkutan umum di air, termasuk jasa-jasa pendukung yang melekat padanya.

Pertimbangan Majelis Hakim Mengedepankan Substansi Hukum

Majelis Hakim Pengadilan Pajak, dalam pertimbangannya, mengambil sikap yang mengedepankan substansi hukum di atas formalitas rekonsiliasi data. Majelis berpendapat bahwa jasa kepelabuhanan merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari jasa angkutan umum di air. Dengan merujuk pada tujuan fasilitas PPN, Majelis menegaskan bahwa pendapatan yang dikoreksi tersebut berasal dari penyerahan jasa yang dikecualikan dari PPN. Putusan ini secara jelas menolak argumentasi Terbanding yang hanya berpegangan pada selisih data formal, dan memutuskan bahwa koreksi DPP PPN Keluaran yang dikenakan adalah tidak berdasar hukum.

Implikasi Preseden Hukum Bagi Sektor Pelayaran dan Pelabuhan

Keputusan Majelis Hakim yang mengabulkan Banding Pemohon Banding seluruhnya memberikan implikasi yang signifikan. Putusan ini menjadi preseden kuat bagi Wajib Pajak sektor pelabuhan/pelayaran bahwa koreksi PPN Keluaran yang didasarkan semata-mata pada uji arus dan rekonsiliasi dapat dibatalkan, asalkan Wajib Pajak mampu membuktikan secara substansial bahwa pendapatan tersebut berasal dari penyerahan jasa yang dikecualikan/dibebaskan PPN. Wajib Pajak disarankan untuk memastikan audit trail yang kuat, memisahkan pencatatan omzet yang Non-JKP, dan berargumen secara konsisten dengan merujuk pada ketentuan terbaru mengenai pembebasan PPN atas jasa angkutan umum di air, seperti yang diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 49 Tahun 2022.

Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini