Otoritas pajak sering kali melakukan koreksi Pajak Masukan dengan alasan jawaban klarifikasi dari KPP lawan transaksi menyatakan "Tidak Ada" atau "PKP Belum Lapor" sesuai dengan mandat PER-27/PJ/2011. Dalam sengketa antara PT EI melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), Majelis Hakim Pengadilan Pajak menegaskan kembali bahwa aspek materialitas transaksi lebih tinggi kedudukannya dibandingkan prosedur administratif konfirmasi. PT EI berhasil membuktikan bahwa meskipun vendor mereka lalai melaporkan PPN, hak pengkreditan tetap sah selama pembayaran PPN telah dilakukan dan transaksi terbukti nyata melalui uji arus barang dan uang.
Inti dari perselisihan ini terletak pada interpretasi Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN dan prinsip tanggung jawab renteng dalam Pasal 33 UU KUP. Terbanding (DJP) bersikuh bahwa pengkreditan Pajak Masukan bergantung pada kepatuhan pelaporan oleh pihak penjual. Namun, Pemohon Banding (PT EI) memberikan argumen defensif yang kuat dengan melampirkan bukti internal berupa Purchase Order, invoice, faktur pajak asli, serta bukti debit rekening koran yang menunjukkan dana telah berpindah untuk membayar pokok transaksi beserta PPN sebesar 10%.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menyatakan bahwa sistem konfirmasi faktur pajak hanyalah alat pengawasan administratif dan bukan merupakan syarat mutlak yang menggugurkan hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan pajak yang telah dibayar. Hakim menekankan bahwa selama pembeli dapat menunjukkan bukti pembayaran kepada penjual, maka kewajiban pembayaran pajak telah berpindah dan pembeli tidak dapat dipersalahkan atas kelalaian pihak ketiga (penjual) dalam menyetorkan atau melaporkan pajak tersebut. Hal ini sejalan dengan prinsip keadilan dalam sistem indirect tax.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bahwa tanggung jawab renteng tidak bersifat otomatis tanpa pemeriksaan fakta material. Kemenangan mutlak PT EI (Kabul Seluruhnya) menjadi preseden penting bagi para pelaku usaha untuk selalu mendokumentasikan setiap tahapan transaksi secara rapi sebagai tameng hukum utama. Putusan ini juga menjadi pengingat bagi otoritas pajak bahwa prosedur formal seperti aplikasi konfirmasi tidak boleh meniadakan fakta material yang didukung oleh bukti pembayaran yang sah.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini