Sengketa pemajakan atas transaksi afiliasi sering kali berujung pada perdebatan formalitas dokumen versus substansi ekonomi, terutama ketika Wajib Pajak menerapkan klausul berlaku surut dalam amandemen perjanjian. Dalam kasus ini, otoritas pajak melakukan koreksi signifikan atas peredaran usaha dengan dalih bahwa tarif mark-up jasa yang baru tidak dapat diakui secara fiskal karena kontrak formal ditandatangani setelah tahun pajak berakhir, meskipun bukti faktual menunjukkan realisasi pembayaran telah mengikuti tarif tersebut sejak awal periode.
Konflik bermula saat Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menolak penggunaan tarif mark-up 3% dalam amandemen perjanjian yang ditandatangani 25 Maret 2015 namun berlaku surut sejak 2 Maret 2014. DJP bersikukuh bahwa pencatatan akuntansi harus mengacu pada dokumen hukum yang tersedia pada saat transaksi terjadi, sehingga tarif lama sebesar 5% dan 6,5% tetap diberlakukan untuk tahun pajak 2014. Di sisi lain, Wajib Pajak mempertahankan argumen bahwa substansi ekonomi harus diutamakan, di mana seluruh invoice dan aliran kas sepanjang 2014 secara konsisten telah menggunakan tarif 3% sesuai kesepakatan itikad baik antara pihak-pihak yang berafiliasi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan pendapat hukum yang krusial dengan merujuk pada prinsip Pacta Sunt Servanda dalam Pasal 1338 KUHPerdata. Hakim menilai bahwa selama perjanjian dibuat secara sah oleh para pihak dan tidak bertentangan dengan undang-undang, maka keberlakuan surut merupakan hak perdata yang harus dihormati. Majelis mengonfirmasi melalui pemeriksaan bukti bahwa realisasi pembayaran melalui rekening koran dan invoice sejak Maret 2014 secara material telah menggunakan basis 3%, sehingga amandemen tertulis tersebut hanyalah bentuk formalisasi dari praktik bisnis yang sudah berjalan.
Putusan ini menegaskan bahwa dalam sengketa transfer pricing, bukti material berupa aliran kas dan dokumen komersial harian dapat mengungguli ketertinggalan formalitas dokumen hukum. Implikasinya, Wajib Pajak perlu memastikan bahwa setiap kebijakan harga transfer yang disepakati secara lisan atau interim didukung dengan korespondensi dan bukti transaksi yang sinkron sebelum diformalkan dalam kontrak.
Kesimpulannya, Pengadilan Pajak membatalkan seluruh koreksi peredaran usaha tersebut karena Terbanding dianggap gagal membuktikan adanya ketidakwajaran ekonomi dalam penerapan tarif 3%. Kemenangan ini memberikan kepastian hukum bahwa klausul retroaktif dalam kontrak afiliasi adalah sah dan diakui secara perpajakan sejauh didukung oleh bukti pelaksanaan transaksi yang konsisten di lapangan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini