Penerapan ketentuan pengkreditan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Masukan sering kali menjadi titik sengketa krusial antara Wajib Pajak dan Direktur Jenderal Pajak. Sengketa ini berpusat pada Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang PPN yang secara eksplisit melarang pengkreditan PPN Masukan yang Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) yang bersangkutan tidak memiliki hubungan langsung dengan kegiatan usaha. Dalam kasus PT JS yang terkait koreksi PPN Masukan Masa Pajak Januari 2018, inti perselisihan adalah perbedaan perspektif mengenai "keterkaitan langsung" antara perolehan aktiva tetap dengan proses penyerahan kena pajak.
Inti konflik dalam putusan ini bermula dari koreksi PPN Masukan oleh DJP. DJP berargumen bahwa PPN Masukan tersebut tidak dapat dikreditkan karena tidak ditemukan beban biaya terkait dalam laporan laba rugi, yang diinterpretasikan sebagai ketiadaan kaitan langsung dengan kegiatan usaha. Perspektif DJP cenderung mengaitkan keterkaitan fungsional secara ketat dengan unsur biaya operasional.
Menanggapi hal tersebut, Wajib Pajak (Pemohon Banding) membantah dengan menyajikan bukti bahwa PPN Masukan tersebut berasal dari perolehan aset modal yang telah dikapitalisasi menjadi aktiva tetap, seperti peralatan penunjang. Pencatatan ini, menurut Wajib Pajak, merupakan prosedur akuntansi yang benar dan sah. Wajib Pajak berdalih bahwa aktiva tetap, meskipun tidak dibebankan sebagai biaya, memiliki peran fungsional vital dalam menunjang keseluruhan operasi perusahaan untuk menghasilkan penyerahan kena pajak, sehingga PPN Masukannya tetap berhak dikreditkan.
Majelis Hakim merespons sengketa ini dengan pendekatan yang berorientasi pada pembuktian substansial. Majelis memecah koreksi dan menguji setiap item PPN Masukan secara terpisah. Berdasarkan hasil penelitian terhadap buku besar dan daftar aktiva tetap Wajib Pajak, Majelis berpendapat bahwa sebagian PPN Masukan terbukti berasal dari aset yang nyata-nyata digunakan untuk kegiatan usaha. Keputusan Majelis ini membatalkan sebagian koreksi DJP dan mengabulkan sebagian permohonan banding Wajib Pajak, sekaligus mempertegas bahwa pencatatan perolehan sebagai aktiva (kapitalisasi) bukanlah hambatan utama pengkreditan PPN Masukan, asalkan kaitan fungsionalnya dengan kegiatan usaha dapat dibuktikan secara meyakinkan.
Implikasi dari Putusan Pengadilan Pajak ini sangat penting bagi Wajib Pajak yang memiliki pengeluaran signifikan untuk investasi atau aset modal. Putusan ini menjadi pengingat bahwa pembuktian hak pengkreditan PPN Masukan tidak cukup hanya dengan menyajikan faktur pajak yang formal, melainkan harus disertai dengan dokumentasi yang kuat, logis, dan mampu menjelaskan secara fungsional bagaimana aset tersebut menunjang penyerahan kena pajak. Wajib Pajak wajib menjaga konsistensi antara perlakuan akuntansi (kapitalisasi aset) dan klaim pengkreditan PPN agar sengketa serupa dapat dimitigasi sejak dini.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini