Inti konflik yang dihadapi oleh Majelis Hakim adalah interpretasi hukum atas sifat yuridis surat pengembalian permohonan tersebut. DJP mempertahankan posisi bahwa surat tersebut hanya merupakan pemberitahuan formal yang mengindikasikan ketidaklengkapan persyaratan, bukan Surat Keputusan (SK) yang bersifat definitif, final, dan mengikat (beschikking). Dengan kata lain, surat tersebut hanya mengembalikan permohonan kepada WP for diperbaiki, bukan menolak substansi permohonan. Oleh karena itu, DJP berpendapat surat tersebut bukanlah objek Gugatan yang diatur dalam Pasal 23 ayat (2) UU PP yang merujuk pada "keputusan" yang merupakan penolakan atas permohonan.
Dalam resolusinya, Majelis Hakim dengan tegas memenangkan argumen DJP. Majelis menyatakan bahwa sesuai dengan Pasal 36 ayat (4) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP), keputusan atas permohonan Pembatalan SKP yang Tidak Benar harus diterbitkan dalam bentuk Surat Keputusan. Karena objek sengketa adalah surat pemberitahuan pengembalian permohonan dan bukan Surat Keputusan penolakan, maka objek tersebut dinilai tidak memenuhi syarat formal sebagai keputusan yang dapat digugat. Akibatnya, Majelis mengabulkan Permohonan Gugatan untuk tidak diperiksa pokok perkaranya dan menyatakan putusan Tidak Dapat Diterima (Niet Ontvankelijke Verklaard).
Implikasi putusan ini memberikan dampak signifikan pada strategi litigasi Wajib Pajak. Putusan ini menjadi yurisprudensi penting yang menegaskan bahwa tindakan administrasi formal yang tidak bersifat keputusan akhir, seperti surat pengembalian permohonan karena syarat tidak lengkap, tidak dapat menjadi dasar Gugatan di Pengadilan Pajak. Wajib Pajak disarankan untuk memfokuskan upaya perbaikan formal daripada membuang waktu dan biaya dengan mengajukan Gugatan yang secara formal cacat. Kepatuhan mutlak terhadap persyaratan formal PMK adalah langkah preventif paling efektif untuk memastikan permohonan dapat diproses hingga terbitnya Surat Keputusan yang sah, yang kemudian menjadi objek sengketa yang valid.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini