Direktur Jenderal Pajak (Terbanding) melakukan koreksi positif Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Oktober 2017 sebesar 98.551.945 terhadap PT LVI dengan dalih hasil uji arus uang dan piutang. Terbanding menganggap adanya penerimaan uang yang tidak dilaporkan sebagai penyerahan terutang PPN, serta menolak validitas nota retur karena tidak mencantumkan referensi Faktur Pajak awal (No Reff) sebagaimana diatur dalam PMK Nomor 65/PMK.03/2010. Namun, PT LVI menyanggah dengan argumen bahwa dana tersebut merupakan reimbursement (penggantian) beban PPN dari pelanggan akibat anomali sistem e-Faktur yang menolak input nota retur secara sistematis.
Konflik ini berakar pada kegagalan sistem e-Faktur yang memunculkan notifikasi "Faktur Pajak Tidak Ditemukan" saat PT LVI mencoba menginput nota retur, meskipun transaksi tersebut nyata adanya. Karena kendala teknis tersebut, PT LVI tidak dapat mengurangkan Pajak Keluaran di SPT PPN, sehingga pelanggan setuju untuk mengganti nominal PPN yang "terlanjur" dibayar tersebut secara tunai. Terbanding bersikap rigid dengan menyatakan bahwa tanpa nota retur yang memenuhi syarat formal (nomor referensi), maka pengurangan Pajak Keluaran tidak sah dan uang masuk tersebut harus dikategorikan sebagai tambahan peredaran usaha atau penghasilan luar usaha yang menjadi objek PPN.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip kebenaran materiil (substance over form) dan mengakui adanya bukti korespondensi dengan Account Representative (AR) yang mengonfirmasi gangguan sistem tersebut. Hakim menilai bahwa pembebanan pajak atas dana yang bersifat penggantian biaya (reimbursement) akibat kesalahan sistem administrasi adalah tidak tepat secara hukum. Lebih lanjut, Majelis Hakim mengkritik metode koreksi Terbanding yang menggunakan rata-rata tahunan (pro-rata) untuk menetapkan utang pajak di Masa Pajak tertentu, karena hal tersebut bertentangan dengan Pasal 11 ayat (1) UU PPN yang menganut asas stelsel riil atau saat terutangnya pajak secara faktual.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa kegagalan sistem administrasi perpajakan tidak boleh merugikan hak-hak konstitusional Wajib Pajak. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa bukti-bukti pendukung di luar sistem (seperti korespondensi dengan otoritas pajak dan bukti arus uang yang transparan) dapat menggantikan kelemahan formalitas sistemik dalam pembuktian di pengadilan. Kesimpulannya, Majelis Hakim membatalkan seluruh koreksi Terbanding karena uang masuk tersebut terbukti bukan merupakan imbalan atas penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP).
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini