Sengketa pengkreditan Pajak Masukan sebesar Rp6.304.709.703,00 pada PT SB mencuat akibat rigiditas administratif Terbanding dalam menyikapi hasil konfirmasi faktur pajak yang dinyatakan tidak ada atau tidak dilaporkan oleh lawan transaksi. Isu krusial dalam perkara ini berfokus pada apakah hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan dapat gugur seketika hanya karena kegagalan administratif pihak ketiga, meskipun transaksi secara substansi telah terjadi dan didukung bukti pembayaran yang sah.
Konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi seluruh Pajak Masukan Masa Maret 2019 dengan dasar bahwa hasil klarifikasi kode "E" (tidak terdaftar sebagai PKP) dan "F" (tidak melaporkan penyerahan) melalui sistem informasi perpajakan menunjukkan ketidakabsahan faktur. Terbanding bersikeras bahwa syarat formal dan material tidak terpenuhi sesuai Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN. Sebaliknya, PT SB secara argumentatif menyatakan bahwa sebagai pembeli beriktikad baik, mereka telah melunasi seluruh kewajiban pembayaran harga barang beserta PPN melalui mekanisme transfer bank ke rekening supplier, sehingga Pasal 33 UU KUP mengenai tanggung jawab renteng seharusnya melindungi mereka dari kelalaian vendor.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa keberadaan arus uang dan arus barang merupakan bukti material yang jauh lebih kuat dibandingkan sekadar validasi sistemik (konfirmasi). Hakim menilai bahwa mekanisme konfirmasi faktur pajak hanyalah sarana pengawasan internal Direktorat Jenderal Pajak dan bukan penentu tunggal keabsahan hak pengkreditan. Selama Wajib Pajak mampu membuktikan bahwa PPN telah dibayar kepada penjual dan barang telah diterima untuk kegiatan usaha (taxable activity), maka hak pengkreditan tersebut tetap melekat pada Wajib Pajak.
Resolusi perkara ini berujung pada Amar Putusan "Kabul Seluruhnya". Majelis Hakim berkeyakinan bahwa membebankan pajak yang sudah dibayar oleh pembeli untuk kedua kalinya hanya karena penjual tidak melapor adalah tindakan yang mencederai asas keadilan dan kepastian hukum. Implikasi putusan ini memperkuat posisi Wajib Pajak dalam sengketa serupa: bahwa pembuktian riil atas transaksi (substance over form) melampaui kelemahan administrasi pihak lawan transaksi dalam ekosistem PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini