Sengketa ini bermula dari langkah Terbanding yang melakukan penyesuaian sekunder (secondary adjustment) terhadap Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN atas Pemanfaatan BKP Tidak Berwujud dari Luar Daerah Pabean (PPN PJLN) milik PT SRI. Koreksi ini merupakan implikasi langsung dari koreksi biaya royalti pada SPT PPh Badan, di mana otoritas pajak mereduksi beban royalti dengan dalih hanya penjualan produk berbahan baku dari afiliasi yang berhak dikenakan royalti. Terbanding membagi basis penjualan menjadi dua segmen (afiliasi vs independen) dan menihilkan royalti atas penjualan independen, sehingga menganggap setoran PPN PJLN yang telah dilakukan WP tidak didukung dokumen yang memenuhi syarat material sesuai Pasal 13 ayat (9) UU PPN.
Inti konflik terletak pada interpretasi penerapan Arm’s Length Principle (ALP) dan cakupan pemanfaatan know-how. Terbanding berargumen bahwa proses perakitan (assembling) yang menggunakan bahan baku dari pihak independen tidak memerlukan bantuan teknis atau kekayaan intelektual dari prinsipal Jepang (Sakae Riken Kogyo Co., Ltd.), sehingga royalti 3% dari total penjualan dianggap tidak wajar. Sebaliknya, PT SRI secara argumentatif menegaskan bahwa know-how produksi otomotif diaplikasikan pada seluruh lini produksi tanpa memandang asal bahan baku. Perjanjian Royalti (Royalty Agreement) secara eksplisit menetapkan basis perhitungan adalah Net Sales secara agregat, dan WP telah menjalankan kewajiban pemungutan serta penyetoran PPN 10% sesuai ketentuan PMK 40/PMK.03/2010.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya membatalkan seluruh koreksi Terbanding. Hakim menilai bahwa Terbanding gagal membuktikan adanya skema penghindaran pajak atau ketidakwajaran harga sesuai mandat Pasal 18 ayat (3) UU PPh. Majelis berpendapat bahwa pemisahan segmen penjualan yang dilakukan Terbanding tidak memiliki dasar hukum yang kuat dalam konteks pemanfaatan harta tidak berwujud yang bersifat menyeluruh pada proses manufaktur. Karena koreksi primer pada PPh Badan dinyatakan tidak dapat dipertahankan, maka secara otomatis koreksi sekunder pada DPP PPN PJLN tidak memiliki pijakan legalitas yang sah.
Implikasi dari putusan ini menegaskan pentingnya substansi ekonomi atas kontrak royalti dalam transaksi lintas batas. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini memberikan preseden bahwa otoritas pajak tidak dapat secara sepihak mengubah basis perhitungan royalti yang telah disepakati dalam kontrak selama manfaat ekonomi (economic benefit) dapat dibuktikan menyerap ke seluruh hasil produksi. Putusan ini juga menjadi pengingat bagi otoritas untuk lebih selektif dalam menerapkan secondary adjustment yang tidak didukung oleh analisis fungsional yang mendalam dan bukti yang konkret terkait intangible property yang disengketakan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini