Sengketa harga transfer pada PT JP (Pemohon Banding) memuncak ketika Terbanding melakukan koreksi signifikan atas Harga Pokok Penjualan senilai USD 4,602,889.00 melalui reklasifikasi metode pengujian kewajaran. Inti konflik bermula dari perbedaan fundamental dalam menentukan profil risiko entitas; Terbanding memandang Pemohon Banding sebagai Limited Risk Distributor yang tidak memiliki aset strategis seperti tangki penyimpanan, sehingga metode Resale Price Method (RPM) dianggap paling tepat untuk menguji margin laba kotor. Sebaliknya, Pemohon Banding bersikeras menggunakan Transactional Net Margin Method (TNMM) dengan alasan keterbatasan data pembanding yang memiliki struktur biaya identik di level laba kotor, serta adanya perbedaan fungsi yang signifikan pada perusahaan pembanding yang ditemukan Terbanding.
Majelis Hakim memberikan resolusi yang moderat dengan melakukan pengujian mendalam terhadap kualitas data pembanding. Hakim berpendapat bahwa secara teoretis, RPM memang lebih superior untuk distributor tanpa nilai tambah manufaktur, namun validitasnya sangat bergantung pada kesebandingan fungsi yang ketat. Dalam pertimbangannya, Hakim melakukan "pembersihan" terhadap daftar pembanding Terbanding, mengeliminasi entitas yang tidak sebanding secara fungsional (seperti bunker trader), dan menetapkan angka Gross Profit Margin (GPM) median baru sebesar 9,44%.
Putusan ini menegaskan bahwa meskipun otoritas pajak memiliki preferensi terhadap metode tertentu, akurasi pemilihan data pembanding tetap menjadi kunci utama dalam menentukan kewajaran transaksi. Implikasinya, Wajib Pajak harus memperkuat analisis fungsional dan dokumentasi benchmarking untuk memitigasi risiko reklasifikasi metode oleh otoritas pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini