Perkara gugatan PT JBE terhadap Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menegaskan betapa krusialnya kepatuhan terhadap hukum acara perpajakan, khususnya terkait batas waktu pengajuan upaya administrasi. Pokok sengketa berpusat pada Surat DJP yang mengembalikan permohonan kedua Wajib Pajak untuk pembatalan Surat Ketetapan Pajak (SKP) yang dianggap tidak benar. Wajib Pajak berargumen bahwa SKP tersebut cacat wewenang (nietig) karena diterbitkan oleh Kepala KPP berdasarkan KEP pelimpahan wewenang yang tidak mengikat keluar, sehingga permohonan pembatalannya (berdasarkan Pasal 13 ayat (3) PMK 8/2013) seharusnya tidak tunduk pada batasan waktu 3 bulan untuk pengajuan kedua (Pasal 14 ayat (6) PMK 8/2013). Logika Wajib Pajak adalah memisahkan prosedur nietig (batal demi hukum) dari prosedur vernietigbaar (dapat dibatalkan) yang diatur dalam Pasal 13 ayat (1).
DJP menanggapi dengan argumen struktural dan legalistik bahwa Pasal 13 ayat (3) merupakan penjabaran hierarkis dari Pasal 13 ayat (1) PMK 8/2013, ditegaskan dengan frasa penunjuk "sebagaimana dimaksud pada ayat (1)". Konsekuensinya, setiap permohonan pembatalan, terlepas dari alasan materilnya, harus memenuhi semua persyaratan formal yang terkandung dalam Pasal 14 PMK 8/2013. Secara faktual, permohonan kedua Wajib Pajak diajukan setelah melewati batas waktu 3 (tiga) bulan sejak Keputusan penolakan permohonan pertama dikirim, sehingga Surat Pengembalian telah diterbitkan sesuai prosedur Pasal 15 ayat (3) PMK 8/2013. Terkait isu kewenangan, DJP juga menguatkan bahwa Kepala KPP bertindak sah berdasarkan mandat Dirjen Pajak, dan tindakan ini adalah beleidsregels yang sah dalam Hukum Administrasi Negara.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara eksplisit menolak interpretasi Wajib Pajak, menguatkan pandangan DJP. Majelis menegaskan bahwa SKP yang diterbitkan oleh Kepala KPP atas nama Dirjen Pajak adalah tindakan yang sah berdasarkan kewenangan mandat. Selain itu, Majelis menyimpulkan bahwa mekanisme permohonan pembatalan SKP, termasuk yang diyakini Penggugat sebagai "seharusnya tidak diterbitkan" (Pasal 13 ayat (3)), harus tetap tunduk pada ketentuan batas waktu 3 bulan untuk permohonan kedua (Pasal 14 ayat (6)).
Implikasi putusan ini sangat penting bagi Wajib Pajak. Putusan ini menjadi penegas bahwa upaya administrasi di DJP memiliki pintu masuk prosedural yang kaku, dan kegagalan mematuhi batas waktu, bahkan dalam upaya kedua, akan mengakibatkan permohonan ditolak di tingkat administrasi dan berpotensi ditolak di tingkat Pengadilan Pajak. Wajib Pajak harus sangat berhati-hati dalam merencanakan strategi litigasi, terutama ketika memiliki dasar hukum kuat yang bersifat prosedural. Jika isu utamanya adalah cacat prosedur penerbitan SKP, jalur Gugatan atas penerbitan SKP yang tidak sesuai prosedur (Pasal 23 ayat (2) huruf d UU KUP) mungkin merupakan pilihan yang lebih strategis daripada memaksakan melalui jalur permohonan pembatalan PMK 8/2013, yang memiliki batasan frekuensi dan waktu yang ketat.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini