Penerapan ketentuan pengkreditan Pajak Masukan (PM) sesuai Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN) kerap kali menjadi arena sengketa antara Wajib Pajak dan otoritas pajak, sebagaimana tercermin dalam Putusan Nomor PUT-005435.16/2024/PP/M.VA Tahun 2025. Isu kunci yang diangkat oleh Terbanding (DJP) dalam kasus PT GB adalah penolakan pengkreditan PM sebesar Rp2.537.348 karena dianggap tidak didukung oleh bukti yang kompeten dan tidak memenuhi prinsip 3M (mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan). DJP berargumen bahwa kegagalan Wajib Pajak untuk menyajikan dokumen pendukung yang memadai selama proses pemeriksaan dan keberatan sesuai amanat Pasal 26A ayat (4) UU KUP secara otomatis menggugurkan hak pengkreditan PM tersebut.
Inti konflik dalam sengketa ini berpusat pada perdebatan antara validitas formal faktur pajak dan kebenaran material transaksi. Pemohon Banding, PT GB, bersikeras bahwa Pajak Masukan yang dikoreksi timbul dari perolehan Barang Kena Pajak/Jasa Kena Pajak yang esensial bagi kegiatan operasional perusahaan, mulai dari produksi hingga manajemen, sehingga secara substansial memenuhi kriteria 3M. Selain itu, Pemohon Banding menekankan bahwa Faktur Pajak yang bersangkutan telah divalidasi oleh sistem e-Faktur 3.0, yang secara implisit menunjukkan keabsahan formalnya.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam resolusinya mengadopsi pendekatan kebenaran material. Majelis menyatakan bahwa Pemohon Banding berhasil meyakinkan Pengadilan bahwa transaksi yang mendasari Pajak Masukan tersebut adalah nyata dan terkait langsung dengan kegiatan usaha perusahaan. Keputusan Majelis menegaskan bahwa penolakan pengkreditan Pajak Masukan harus didasarkan pada bukti yang kuat tentang fiktifnya transaksi, bukan sekadar ketidakpuasan terhadap penyampaian dokumen pendukung pada tahap awal sengketa. Konsekuensinya, Majelis membatalkan koreksi PM sebesar Rp2.537.348, yang menunjukkan keberpihakan pada substansi transaksi.
Analisis putusan ini memberikan implikasi penting bagi praktik perpajakan, khususnya terkait mitigasi sengketa Pajak Masukan. Putusan ini menjadi preseden yang mengingatkan Wajib Pajak akan pentingnya dokumentasi 3M yang koheren, namun pada saat yang sama, membatasi ruang gerak otoritas pajak untuk menolak PM hanya berdasarkan alasan formalitas dokumen. Dampaknya, Wajib Pajak harus lebih proaktif dalam menyiapkan narasi fungsional dan ekonomis dari setiap pengeluaran, sementara DJP harus memperkuat pembuktian fiktifnya transaksi jika ingin menolak pengkreditan PM. Kesimpulan yang dapat diambil, meskipun Wajib Pajak wajib patuh pada prosedur penyampaian dokumen, kebenaran material transaksi tetap menjadi penentu utama dalam ranah litigasi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini