Regulasi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) secara eksplisit mengatur bahwa penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) antar sesama Pengusaha Kawasan Berikat (KB) berhak atas fasilitas PPN tidak dipungut sesuai amanat Pasal 16B Undang-Undang PPN. Prinsip dasar inilah yang menjadi benteng pertahanan utama bagi PT GBI dalam sengketa banding PPN Masa Pajak Desember 2019 atas koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) senilai total Rp 3,22 miliar yang diinisiasi oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP). Kasus ini secara fundamental menguji hierarki penerapan hukum antara ketentuan fasilitas PPN Kawasan Berikat dengan kewenangan koreksi Transfer Pricing (TP) atas transaksi afiliasi.
Inti konflik dalam putusan ini terbagi dua. Bagian substansial adalah koreksi penjualan BKP ke PT TGI yang merupakan pihak afiliasi dan sesama Pengusaha KB. DJP melakukan koreksi dengan dua lapisan: menduga adanya undervaluation karena ketiadaan Dokumen TP dan selanjutnya menerapkan uji kewajaran (ALP) untuk menghasilkan markup tambahan sebesar Rp 515 juta. Seluruh koreksi ini kemudian ditambahkan sebagai DPP PPN Keluaran. PT GBI menentang keras, mengajukan bukti Keputusan Menteri Keuangan (KMK) yang menetapkan kedua belah pihak sebagai KB, yang secara hukum berimplikasi pada fasilitas PPN tidak dipungut. PT GBI berargumen, jika PPN secara substansi tidak terutang, maka koreksi DPP PPN (termasuk markup TP) menjadi tidak relevan. Poin kedua adalah koreksi prosedural: markup TP dimasukkan DJP sebagai temuan baru pada saat Pembahasan Akhir tanpa revisi SPHP, yang dinilai melanggar prosedur pemeriksaan. Sengketa kedua yang jauh lebih kecil adalah koreksi DPP atas Uang Muka Penjualan sebesar Rp 80 juta, yang berasal dari temuan arus kas, namun gagal dibantah oleh PT GBI dengan bukti yang memadai.
Dalam resolusinya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil langkah tegas untuk mengabulkan sebagian permohonan banding, yang mayoritas berpihak pada argumentasi Kawasan Berikat. Majelis mengamini bahwa kepemilikan KMK oleh kedua entitas menjadikan penyerahan BKP tersebut berhak atas fasilitas PPN tidak dipungut. Konsekuensinya, koreksi DPP PPN Keluaran yang dikaitkan dengan penjualan afiliasi, termasuk seluruh markup yang dihasilkan dari uji Transfer Pricing DJP, secara total dibatalkan. Keputusan ini secara efektif menegaskan bahwa substansi fasilitas PPN yang diberikan oleh regulasi spesifik (Kawasan Berikat) memiliki bobot hukum yang lebih tinggi untuk tujuan PPN dibandingkan kewenangan Transfer Pricing DJP dalam konteks ini. Namun, koreksi Uang Muka Penjualan sebesar Rp 80.319.355,00 dipertahankan. Kegagalan PT GBI untuk menyajikan bukti tandingan yang meyakinkan (seperti kontrak pinjaman atau surat pengakuan utang) atas penerimaan kas tersebut, sesuai dengan kewajiban pembuktian Pasal 76 UU Pengadilan Pajak, menjadi faktor penentu dipertahankannya koreksi ini.
Implikasi dari Putusan Nomor PUT-014492.16/2022/PP/M.XIIA Tahun 2025 ini sangat penting bagi praktik perpajakan, terutama bagi perusahaan yang beroperasi di zona kepabeanan. Putusan ini menjadi preseden bahwa kepatuhan formal terhadap rezim kepabeanan dapat berfungsi sebagai tameng yang efektif terhadap koreksi DPP PPN, meskipun terdapat transaksi afiliasi yang dicurigai melanggar Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (ALP). Pelajaran krusial yang dapat diambil adalah bahwa Wajib Pajak harus tidak hanya memperhatikan kepatuhan Transfer Pricing (TP Doc) tetapi juga memastikan administrasi dan legalitas atas setiap fasilitas pajak (seperti KB) dipenuhi dan dapat dibuktikan secara sempurna. Selain itu, kasus ini kembali mengingatkan semua WP, terlepas dari sektornya, bahwa setiap pergerakan signifikan pada rekening kas/bank harus diimbangi dengan dokumentasi yang rapi dan mampu dipertanggungjawabkan untuk menghindari koreksi atas pos-pos non-penjualan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini