Sengketa ini berfokus pada interpretasi fasilitas PPN Tidak Dipungut atas penyerahan barang kena pajak dari Gudang Berikat (GB) ke Kawasan Berikat (KB) sebagaimana diatur dalam PMK-143/PMK.03/2011. Konflik mencuat ketika Terbanding melakukan reklasifikasi penyerahan dari "PPN Tidak Dipungut" menjadi "PPN Harus Dipungut Sendiri" dengan nilai koreksi mencapai Rp18.499.135.104,00. Otoritas pajak berargumen bahwa fasilitas tersebut gugur karena tiga perusahaan pelanggan PT SI tidak tercantum dalam Daftar Perusahaan Tujuan Distribusi Barang (DPTDB) pada izin Gudang Berikat milik Wajib Pajak pada saat transaksi terjadi. Selain itu, Terbanding menuntut bukti bahwa barang tersebut benar-benar diolah kembali di Kawasan Berikat melalui dokumen BC 4.0.
PT SI memberikan bantahan keras dengan menyatakan bahwa secara substansi, transaksi tersebut adalah penyerahan antar kawasan berikat yang sah. Perusahaan menegaskan bahwa persyaratan DPTDB merupakan ranah administratif kepabeanan yang tidak secara eksplisit diatur sebagai syarat pembatalan fasilitas PPN dalam regulasi perpajakan. PT SI berhasil membuktikan arus barang melalui dokumen BC 2.7 yang telah mendapat persetujuan pejabat Bea Cukai, yang mengonfirmasi bahwa barang benar-benar masuk ke Pengusaha Di Kawasan Berikat (PDKB) untuk digunakan dalam proses produksi manufaktur.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menyatakan bahwa dalil Terbanding mengenai DPTDB tidak memiliki landasan kuat dalam PMK-143 sebagai syarat materiil fasilitas PPN. Hakim menekankan bahwa selama dokumen kepabeanan BC 2.7 terverifikasi sah dan menunjukkan tujuan ke PDKB, maka substansi fasilitas PPN Tidak Dipungut tetap terpenuhi. Majelis menilai tindakan Terbanding yang memaksakan syarat DPTDB sebagai "syarat mutlak" adalah bentuk penafsiran sempit yang mengabaikan aspek fungsionalitas barang dalam rantai produksi di kawasan berikat.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak yang beroperasi di Tempat Penimbunan Berikat (TPB). Kemenangan PT SI menegaskan kembali prinsip substance over form, di mana keberadaan dokumen BC 2.7 yang valid lebih menentukan hak atas fasilitas dibandingkan kelalaian administratif pembaruan daftar DPTDB. Hal ini menjadi preseden bahwa sengketa pajak yang berakar dari isu administratif kepabeanan harus tetap mengacu pada substansi pemanfaatan barang sesuai tujuan pemberian fasilitas perpajakan.
Catatan Kepatuhan TPB: Kasus ini membuktikan bahwa integrasi hukum kepabeanan dan hukum perpajakan harus dinilai secara fungsional. Bagi pengusaha di Gudang Berikat atau Kawasan Berikat, keabsahan dokumen arus barang (seperti BC 2.7 atau BC 4.0) yang telah di-approve sistem CEISA Bea Cukai merupakan pilar pembuktian material terkuat untuk mempertahankan fasilitas PPN dari koreksi formal otoritas pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini