Sengketa pajak pada PT PK bermuara pada koreksi biaya operasional sebesar Rp 37.070.764.331,00 yang dilakukan Terbanding dengan dalih ketidaksesuaian prinsip 3M (mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan). Terbanding berasumsi bahwa beban penjualan serta biaya umum dan administrasi yang dilaporkan tidak memiliki korelasi langsung dengan penghasilan karena aktivitas operasional dianggap tidak signifikan. Namun, pengujian fakta di persidangan menunjukkan bahwa seluruh biaya tersebut, mulai dari gaji karyawan hingga biaya sewa, didukung oleh bukti kompeten dan merupakan pengeluaran riil untuk mempertahankan eksistensi entitas bisnis.
Inti konflik ini terletak pada interpretasi subjektif Terbanding mengenai seberapa besar "aktivitas" yang diperlukan agar sebuah biaya dapat dikurangkan. Terbanding memandang rendah relevansi biaya operasional jika tidak menghasilkan pendapatan yang sebanding secara instan. Sebaliknya, Pemohon Banding memberikan argumen defensif yang solid bahwa biaya tetap (fixed costs) seperti gaji dan sewa kantor tetap wajib dikeluarkan untuk menjaga kelangsungan usaha, terlepas dari fluktuasi pendapatan. Bukti-bukti berupa faktur pajak, bukti transfer, dan laporan keuangan auditan diajukan untuk meruntuhkan asumsi sepihak otoritas pajak.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa koreksi tidak boleh didasarkan pada asumsi semata tanpa didukung bukti yang mampu membatalkan dokumen sah Wajib Pajak. Hakim menilai bahwa selama biaya tersebut bersifat rutin, nyata, dan berkaitan dengan operasional perusahaan, maka biaya tersebut sah sebagai pengurang penghasilan bruto sesuai Pasal 6 ayat (1) UU PPh. Amar putusan yang menyatakan "Kabul Seluruhnya" menunjukkan bahwa keabsahan formal dan material bukti pembukuan Wajib Pajak memiliki kedudukan hukum yang lebih tinggi dibandingkan dengan penilaian subjektif pemeriksa pajak.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak untuk senantiasa mendokumentasikan setiap bukti transaksi secara rapi dan sistematis. Keberhasilan PT PK dalam membatalkan koreksi bernilai puluhan miliar ini menjadi preseden bahwa prinsip 3M tidak boleh ditafsirkan secara sempit oleh otoritas pajak. Selama biaya dikeluarkan untuk mendukung infrastruktur bisnis dan kelangsungan entitas, biaya tersebut memenuhi kriteria pengurang pajak yang sah.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini