Direktur Jenderal Pajak (DJP) menetapkan koreksi positif Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN atas penyerahan barang dan jasa oleh CJO kepada B dalam proyek TEP Train III senilai Rp18,37 miliar karena dianggap tidak memenuhi kriteria reimbursement murni. Persoalan hukum bermula ketika Terbanding menilai bahwa barang impor yang menggunakan fasilitas Masterlist (PPN tidak dipungut) atas nama B tetap harus dikenakan PPN saat ditagihkan oleh CJO. Terbanding berargumen bahwa karena CJO mencatat barang tersebut sebagai persediaan (inventory) dan mengakuinya sebagai pendapatan dalam laporan keuangan, maka penyerahan tersebut merupakan objek PPN Pasal 4 ayat (1) UU PPN yang wajib dipungut dengan Faktur Pajak kode 03.
Namun, CJO secara tegas membantah dengan argumen bahwa proyek tersebut adalah Proyek Strategis Nasional di sektor hulu migas yang mendapatkan fasilitas pembebasan bea masuk dan PPN tidak dipungut sesuai Peraturan Menteri ESDM Nomor 17 Tahun 2018. CJO menjelaskan bahwa dalam kontrak turnkey (EPC), penagihan dilakukan berdasarkan milestone, di mana nilai barang impor yang mendapatkan fasilitas Masterlist telah dikurangkan dari total tagihan untuk menentukan DPP PPN. Penggunaan akun persediaan hanyalah mekanisme pencatatan akuntansi sementara untuk melacak arus barang, bukan menunjukkan kepemilikan material karena barang tersebut sejak awal ditujukan dan dimiliki oleh negara melalui B selaku KKKS.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip substance over form. Hakim menilai bahwa barang-barang tersebut benar-benar digunakan untuk kegiatan operasional hulu migas yang fasilitasnya melekat pada B. Majelis berpendapat tidak ada penyerahan hak kepemilikan dari CJO ke B dalam konteks komersial biasa, melainkan pengadaan barang milik negara. Selain itu, fakta bahwa pemeriksaan pajak terhadap B untuk tahun-tahun sebelumnya tidak mempermasalahkan pola ini menjadi bukti konsistensi perlakuan pajak. Oleh karena itu, Majelis Hakim memutuskan membatalkan seluruh koreksi Terbanding dan mengabulkan banding Pemohon Banding.
Putusan ini menegaskan bahwa integritas fasilitas fiskal dalam proyek hulu migas tidak boleh dianulir hanya karena perbedaan interpretasi administratif akuntansi. Bagi Wajib Pajak yang bergerak di sektor infrastruktur dan energi, kasus ini memberikan pelajaran penting mengenai krusialnya rekonsiliasi data antara dokumen kepabeanan (Masterlist) dengan nilai kontrak dan invoice. Transparansi dalam memisahkan komponen penyerahan yang mendapat fasilitas dan yang tidak adalah kunci utama dalam memenangkan sengketa serupa di tingkat litigasi.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'