Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) PPh Badan yang didasarkan pada koreksi peredaran usaha seringkali menjadi titik krusial sengketa antara otoritas pajak dan Wajib Pajak. Dalam kasus PT WNI, sengketa bermula dari interpretasi kaku Terbanding yang hanya menjumlahkan sisi kredit pada buku besar penjualan tanpa memperhitungkan sisi debit sebagai koreksi internal. Penggunaan diksi regulasi dalam Pasal 12 ayat (3) UU KUP seharusnya mengedepankan kebenaran materiil, namun dalam kasus ini, Terbanding mengabaikan mekanisme "internal split revenue" yang dilakukan perusahaan untuk tujuan manajerial.
Konflik inti berpusat pada perbedaan metodologi pengujian arus uang dan barang. Terbanding menganggap setiap angka di sisi kredit adalah penghasilan bruto, sementara PT WNI berargumen bahwa sisi debit merupakan penyesuaian untuk mengidentifikasi jenis jasa yang berbeda tanpa menambah nilai transaksi riil. Majelis Hakim dalam pertimbangannya menegaskan bahwa pengujian pembukuan harus dilakukan secara utuh (netting) antara debit dan kredit. Melalui uji bukti atas ratusan transaksi, terungkap bahwa tidak ada objek pajak yang disembunyikan oleh Wajib Pajak. Putusan ini memberikan perlindungan hukum bagi Wajib Pajak yang memiliki sistem akuntansi kompleks namun tetap akuntabel, serta menjadi preseden bahwa hasil audit Kantor Akuntan Publik dengan opini WTP merupakan bukti awal yang kuat atas kredibilitas pelaporan peredaran usaha.