Otoritas pajak seringkali melakukan koreksi berdasarkan data mentah hasil pertukaran informasi dengan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai tanpa meneliti status faktual dokumen tersebut. Dalam kasus PT LOC, Terbanding menetapkan koreksi DPP PPN Ekspor sebesar Rp1,15 miliar hanya karena menemukan nomor PEB yang belum dilaporkan dalam SPT Masa PPN, meskipun secara substansi penyerahan barang tersebut tidak pernah terjadi.
Konflik ini berpusat pada perbedaan antara data administratif pada sistem otomasi DJP dengan realitas yuridis di lapangan. Terbanding bersikeras bahwa setiap PEB yang telah tervalidasi harus dianggap sebagai penyerahan kena pajak, serta menolak bukti baru berupa surat persetujuan pembatalan ekspor dengan alasan Pasal 26A ayat (4) UU KUP. Di sisi lain, Wajib Pajak mampu membuktikan bahwa barang tidak pernah keluar dari wilayah pabean dan telah mengantongi izin pembatalan resmi dari otoritas Bea dan Cukai.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan mengedepankan asas kebenaran materiil. Majelis menegaskan bahwa esensi PPN adalah pajak atas konsumsi atau penyerahan barang. Jika sebuah ekspor secara yuridis telah dibatalkan melalui mekanisme kepabeanan yang sah, maka tidak ada objek pajak yang dapat dipajaki. Ketentuan formal mengenai penyampaian dokumen saat pemeriksaan tidak dapat menegasikan fakta bahwa transaksi tersebut memang tidak pernah ada.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bahwa data pertukaran informasi antar-instansi (DJP-DJBC) bukanlah harga mati jika Wajib Pajak dapat membuktikan sebaliknya dengan dokumen otoritatif. Putusan ini menegaskan pentingnya integrasi administrasi antara bagian logistik, kepabeanan, dan perpajakan dalam sebuah perusahaan untuk menghindari sengketa serupa.