Implementasi ketentuan ini seringkali menjadi celah sengketa, seperti yang terjadi pada kasus banding yang melibatkan PT HI terkait Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) PPh Pasal 21 Masa Pajak September 2016. Inti konflik fiskal ini berpusat pada koreksi yang dilakukan oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP) karena Pemohon Banding, yang merupakan pihak pemberi kerja, tidak menerapkan tarif PPh Pasal 21 Final yang benar atas pembayaran manfaat pensiun dini kepada karyawannya.
DJP berpegangan pada ketentuan PP 68/2009 dan PMK 16/PMK.03/2010, yang secara eksplisit menyatakan bahwa Uang Manfaat Pensiun yang dibayarkan secara sekaligus dikenai PPh Pasal 21 yang bersifat final dengan lapisan tarif progresif (0% sampai dengan Rp 50 juta dan 5% di atas Rp 50 juta). Argumen koreksi DJP berfokus pada kegagalan Pemohon Banding untuk mematuhi tarif final ini. Di sisi lain, PT HI berargumen bahwa pembayaran manfaat pensiun kepada pegawai yang mengundurkan diri, di mana dana sudah dialihkan ke Dana Pensiun Pemberi Kerja (DPPK), seharusnya dikenai PPh Pasal 21 non-final yang dihitung berdasarkan tarif Pasal 17 Undang-Undang PPh. Pemohon Banding merasa kewajiban pemotongan telah dipenuhi oleh DPPK dengan skema non-final.
Majelis memverifikasi fakta bahwa pembayaran yang dilakukan kepada pegawai yang pensiun dini tersebut memenuhi kriteria sebagai pembayaran manfaat pensiun yang dibayarkan sekaligus. Oleh karena itu, klaim Pemohon Banding mengenai penerapan PPh Pasal 21 non-final ditolak. Majelis membenarkan substansi koreksi DJP bahwa PPh Pasal 21 yang terutang adalah bersifat Final. Namun, Majelis juga menunjukkan independensi dalam pengujian kuantitatif. Setelah melakukan perhitungan ulang atas penerapan tarif progresif 0% dan 5% terhadap Dasar Pengenaan Pajak (DPP) bruto yang terutang, Majelis menemukan adanya kesalahan hitung yang dilakukan oleh DJP, sehingga jumlah koreksi PPh Kurang Bayar dan sanksi bunga Pasal 13 ayat 2 UU KUP harus dikurangi secara signifikan.
Putusan Pengadilan Pajak ini secara definitif mengafirmasi kedudukan hukum PPh Pasal 21 Final atas Uang Manfaat Pensiun yang dibayarkan sekaligus sebagai ketentuan yang tidak dapat ditawar. Dampaknya, kepatuhan Wajib Pajak tidak hanya berhenti pada penentuan sifat pajak (Final), tetapi harus diperluas pada akurasi perhitungan teknis dalam menerapkan lapisan tarif progresifnya. Kesalahan teknis kecil dalam perhitungan persentase dapat memicu penerbitan SKPKB dan sanksi bunga yang harus dilunasi, meskipun basis hukumnya (PPh Final) telah diakui. Putusan yang mengabulkan sebagian ini menjadi pelajaran berharga bahwa litigasi pajak seringkali bukan hanya pertarungan substansi, tetapi juga pertarungan akurasi perhitungan.
Wajib Pajak harus memastikan bahwa pihak yang berwenang (pemberi kerja atau Dana Pensiun) telah menggunakan tarif 0% untuk penghasilan bruto hingga Rp 50.000.000,00 dan 5% untuk sisanya. Putusan ini menjadi rujukan praktik bahwa keakuratan perhitungan adalah kunci untuk memenangkan atau setidaknya memitigasi risiko sengketa yang bersifat kuantitatif.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini