Sengketa inti berpusat pada koreksi Penjualan/Pendapatan Bruto yang diinisiasi oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP) yang didasarkan semata-mata pada adanya selisih positif antara omzet yang dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan (SPT) Masa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Keluaran dengan omzet yang tercantum dalam SPT Tahunan PPh Badan. Dalam konteks regulasi perpajakan Indonesia, perbedaan basis pengenaan pajak antara PPN dan PPh menjadi kunci argumentasi yang menentukan arah putusan ini.
DJP berpegangan pada prinsip bahwa seluruh omzet yang menjadi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN harusnya setara atau hampir sama dengan penghasilan yang menjadi objek PPh Badan, kecuali Wajib Pajak dapat membuktikan sebaliknya. Oleh karena Wajib Pajak pada tahap pemeriksaan dianggap tidak memberikan penjelasan dan dokumentasi yang memadai atas selisih tersebut, DJP mengasumsikan selisih omzet yang timbul sebagai penjualan yang belum dilaporkan dan wajib dikenakan PPh Badan sesuai Pasal 4 ayat (1) Undang-Undang PPh.
Pemohon Banding menyajikan kertas kerja rekonsiliasi yang detail untuk menjelaskan bahwa perbedaan omzet tersebut tidak berasal dari penghasilan yang belum dilaporkan, melainkan dari transaksi yang secara hukum memiliki perlakuan berbeda antara PPN dan PPh. Contohnya meliputi pendapatan atas penyerahan yang dikecualikan dari objek PPN atau pendapatan atas transaksi tertentu yang dikenakan PPh bersifat final, yang secara regulasi tidak boleh dihitung bersama dengan penghasilan non-final. Argumentasi ini didukung dengan bukti-bukti pendukung seperti general ledger dan dokumen transaksi yang mengkonfirmasi sifat-sifat khusus dari pendapatan yang menimbulkan diskrepansi angka rekonsiliasi.
Majelis menilai bahwa meskipun perbedaan omzet PPN dan PPh dapat dijadikan indikasi awal, Terbanding gagal menyajikan bukti-bukti yang meyakinkan untuk membantah bukti dan penjelasan yang telah disajikan oleh Pemohon Banding. Kekuatan pembuktian Pemohon Banding melalui rekonsiliasi yang rinci dan penjelasan yang didukung regulasi menjadi kunci utama. Putusan ini menggarisbawahi pentingnya prinsip pembuktian di Pengadilan Pajak: koreksi haruslah didasarkan pada fakta yang terbukti, bukan sekadar asumsi yang timbul dari ketidaksesuaian data.
Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa Wajib Pajak yang dapat menyajikan dokumentasi rekonsiliasi yang kuat, logis, dan didukung oleh bukti-bukti transaksi berhak membatalkan koreksi yang hanya didasarkan pada selisih data rekonsiliasi. Keputusan ini juga menekankan bahwa otoritas pajak harus melakukan pendalaman substansi atas setiap transaksi yang menyebabkan selisih, bukan hanya mengandalkan perbandingan angka formalitas. Kesimpulan yang dapat diambil adalah bahwa kepatuhan Wajib Pajak tidak hanya dilihat dari kesamaan angka PPN dan PPh, melainkan dari kemampuan Wajib Pajak untuk menjelaskan dan membuktikan perbedaan tersebut secara hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini