Sengketa ini bermula ketika Tergugat menerbitkan Surat Nomor S-4646/WPJ.07/2017 yang secara sepihak menyatakan bahwa keberatan PT MDI tidak memenuhi syarat formal Pasal 25 ayat (2) UU KUP. Tergugat berdalil bahwa alasan yang disampaikan Penggugat terlalu umum dan tidak merinci penghitungan pajak, sehingga keberatan tersebut dianggap tidak dapat dipertimbangkan. Namun, Penggugat menegaskan bahwa seluruh prosedur formal dalam PMK 202/2015 telah dipenuhi dan tindakan Tergugat yang menghentikan proses keberatan tanpa prosedur Surat Pemberitahuan Untuk Hadir (SPUH) merupakan pelanggaran terhadap hak konstitusional Wajib Pajak.
Inti konflik berpusat pada penafsiran frase "alasan yang menjadi dasar penghitungan" dalam syarat keberatan. Tergugat memandang surat keberatan yang hanya menyatakan "seluruh laporan PPN sudah benar" sebagai ketidakjelasan materiil. Di sisi lain, Penggugat berargumen bahwa ketidaksetujuan atas seluruh koreksi merupakan alasan yang sah. Penggugat juga menantang kualifikasi surat Tergugat (kode S) yang diklaim Tergugat bukan objek gugatan, sementara Penggugat membuktikan bahwa surat tersebut adalah Keputusan Tata Usaha Negara yang bersifat final dan menimbulkan akibat hukum nyata bagi Wajib Pajak.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memberikan resolusi yang memperkuat posisi Wajib Pajak. Majelis menyatakan bahwa surat Tergugat secara substansi adalah beschikking (keputusan) karena menghalangi hak Wajib Pajak untuk diproses keberatannya. Terkait syarat formal, Majelis menilai bahwa alasan yang disampaikan Penggugat secara gramatikal sudah memenuhi syarat UU KUP. Hakim menegaskan jika Tergugat menganggap alasan tersebut kurang jelas, Tergugat wajib meminta penjelasan atau data tambahan sesuai mandat Pasal 13 PMK 9/PMK.03/2013, bukan langsung menggugurkan hak keberatan Wajib Pajak secara prematur.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa otoritas pajak tidak boleh menggunakan interpretasi subjektif yang sempit untuk menggugurkan hak formal Wajib Pajak. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa surat dinas (kode S) yang memiliki dampak hukum tetap dapat dijadikan objek gugatan di Pengadilan Pajak. Bagi Wajib Pajak, kemenangan PT MDI memberikan pelajaran bahwa kepatuhan pada format formal peraturan menteri adalah perisai utama dalam menghadapi diskualifikasi administratif oleh fiskus. Kesimpulannya, Majelis Hakim membatalkan surat Tergugat dan memerintahkan proses keberatan dilanjutkan sesuai ketentuan yang berlaku.
Analisa Lengkap dan Komprehensif atas Putusan Ini Tersedia di sini