Sengketa PPN Masa Mei 2020 antara PT RI melawan DJP berfokus pada koreksi DPP Penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri akibat reklasifikasi penyerahan kepada pemungut dan temuan setoran tanpa faktur. Berdasarkan Pasal 16A UU PPN, kewajiban pemungutan pada transaksi dengan instansi pemerintah berada pada pemungut, namun otoritas pajak melakukan koreksi karena tidak ditemukannya validasi setoran dalam sistem internal mereka (SIT). PT RI menyanggah dengan mengajukan bukti bahwa seluruh kewajiban administratif, termasuk penerbitan faktur pajak dengan kode 020 dan 030, telah dilaksanakan sesuai ketentuan PER-24/PJ/2012.
Inti konflik terletak pada perbedaan interpretasi atas data "Rumah Konfirmasi" dan tanggung jawab renteng berdasarkan Pasal 16F UU PPN. Terbanding bersikeras bahwa jika setoran PPN oleh pemungut tidak terdeteksi, maka tanggung jawab beralih kepada PT RI sebagai pengusaha yang menyerahkan JKP. Sebaliknya, PT RI berargumen bahwa kegagalan sistemik atau administratif di sisi pemungut tidak boleh membatalkan status penyerahan yang telah dilaporkan secara sah, apalagi terdapat bukti setoran yang faktanya merujuk pada transaksi pihak lain namun salah diatributkan oleh Terbanding.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menekankan aspek formalitas prosedur perpajakan dan substansi bukti material. Hakim menyoroti bahwa Terbanding tidak konsisten dalam mempertahankan nilai koreksi, terutama dengan terbitnya Keputusan Pembetulan di tengah proses persidangan tanpa dasar yang kuat. Melalui uji bukti (matching test), Majelis menemukan bahwa PT RI mampu membuktikan validitas penyerahan kepada pemungut untuk sebagian besar nilai sengketa, sementara untuk setoran tanpa faktur, bukti dari sistem DJP Online menunjukkan bahwa setoran tersebut milik entitas lain.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak bahwa dokumentasi arus dokumen (invoice, faktur pajak, dan bukti potong/setor) harus tersinkronisasi dengan data di portal DJP Online. Kekuatan argumen PT RI terletak pada kemampuan melakukan rekonsiliasi data secara presisi terhadap temuan sistemik otoritas pajak. Bagi praktisi, kasus ini menegaskan bahwa "kebenaran materiil" dalam sengketa PPN sangat bergantung pada kelengkapan bukti pendukung transaksi, bukan sekadar pelaporan administratif.
Kesimpulannya, sengketa ini dimenangkan sebagian oleh PT RI karena keberhasilan dalam mematahkan asumsi sistemik Terbanding dengan bukti dokumen yang konkret. Wajib Pajak disarankan untuk secara berkala melakukan konfirmasi atas status penyetoran PPN oleh pemungut guna menghindari risiko reklasifikasi di kemudian hari.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini