Pemanfaatan Jasa Kena Pajak (JKP) dari luar daerah pabean sering kali memicu sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) saat melibatkan pihak afiliasi. Sengketa dalam Putusan ini menjadi preseden penting mengenai bagaimana pembuktian eksistensi jasa di level PPh Badan berdampak langsung pada pengakuan Pajak Masukan di level PPN.
Konflik ini berawal ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengoreksi Pajak Masukan atas pembayaran Technical Service Fee oleh PT NMI ke induk usahanya di Jepang. DJP berargumen bahwa jasa tersebut tidak memiliki manfaat ekonomi dan tidak terbukti eksistensinya, sehingga melanggar Pasal 9 ayat (8) huruf b UU PPN. Sebaliknya, PT NMI menegaskan bahwa jasa teknik tersebut vital untuk persiapan produksi model mesin baru dan telah memenuhi kewajiban penyetoran PPN melalui Surat Setoran Pajak (SSP).
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi dengan menekankan asas konsistensi. Karena dalam sengketa PPh Badan pada tahun pajak yang sama Majelis telah mengakui biaya jasa tersebut sebagai biaya yang dapat dikurangkan (deductible), maka hak pengkreditan Pajak Masukannya harus diakui. Majelis menolak argumen DJP mengenai ketiadaan manfaat jasa, mengingat bukti formal seperti paspor teknisi dan laporan kerja telah membuktikan adanya penyerahan jasa secara nyata.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Wajib Pajak harus mampu menyajikan rekonsiliasi yang kuat antara pengeluaran biaya di laporan laba rugi dengan bukti pengkreditan PPN. Kemenangan PT NMI menegaskan bahwa selama jasa tersebut benar-benar digunakan untuk menunjang produksi, maka DJP tidak dapat membatalkan hak pengkreditan Pajak Masukan hanya berdasarkan asumsi ketiadaan manfaat. Kesimpulannya, dokumentasi transfer pricing yang sinkron dengan bukti operasional lapangan adalah garda terdepan dalam menghadapi audit pajak.