Sengketa pajak antara PT SGI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menyoroti kompleksitas penerapan prinsip kewajaran dan kelaziman usaha dalam transaksi afiliasi domestik yang berdampak pada Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN. DJP melakukan koreksi signifikan terhadap peredaran usaha PT SGI berdasarkan pengujian Transactional Net Margin Method (TNMM) yang membandingkan margin laba perusahaan dengan entitas mapan lainnya. Sengketa ini menjadi krusial karena mempertanyakan apakah margin laba rendah pada perusahaan yang baru berdiri (start-up) secara otomatis mencerminkan praktik transfer pricing yang tidak wajar.
Konflik utama dipicu oleh penggunaan data pembanding oleh DJP yang dianggap tidak sebanding dengan profil risiko PT SGI. DJP menetapkan margin median sebagai standar kebenaran, sementara PT SGI mengalami kerugian operasional akibat biaya tetap tinggi dan basis pelanggan yang masih dalam tahap pengembangan. Selain itu, terdapat perdebatan yuridis mengenai penerapan Pasal 2 ayat (2) PER-32/PJ/2011. PT SGI menegaskan bahwa transaksi mereka dilakukan dengan sesama entitas dalam negeri yang memiliki tarif pajak setara, sehingga motif pengalihan laba untuk menghindari pajak secara substansi tidak terpenuhi.
Majelis Hakim menegaskan bahwa DJP wajib melakukan analisis risiko penghindaran pajak sebelum melakukan koreksi transfer pricing pada transaksi domestik, sebagaimana diatur dalam PER-22/PJ/2013. Lebih lanjut, Majelis menilai bahwa membandingkan perusahaan start-up dengan perusahaan yang sudah beroperasi puluhan tahun adalah tindakan yang tidak tepat secara teknis perpajakan. Karena alasan tersebut, Majelis membatalkan seluruh koreksi yang diajukan oleh DJP.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi praktik perpajakan di Indonesia, khususnya bagi perusahaan multinasional yang baru merintis bisnis. Kemenangan PT SGI menegaskan bahwa "kewajaran" tidak boleh hanya dilihat dari angka statistik semata, melainkan harus mempertimbangkan siklus bisnis dan karakteristik unik Wajib Pajak. Bagi Wajib Pajak lain, kasus ini menjadi pengingat untuk memperkuat dokumentasi transfer pricing dengan menyertakan analisis fungsional dan profil risiko yang mendalam.