Sengketa Pajak Pertambahan Nilai ini berpusat pada perbedaan interpretasi tanggung jawab renteng pemungutan PPN berdasarkan Pasal 16A UU PPN dan legalitas reklasifikasi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) atas penyerahan kepada Pemungut PPN yang tidak ditemukan Nomor Tanda Penerimaan Negara (NTPN) dalam sistem informasi Direktorat Jenderal Pajak (DJP).
PT RI menghadapi koreksi positif PPN senilai ratusan juta rupiah akibat langkah Terbanding yang mereklasifikasi penyerahan kepada instansi pemerintah dan BUMN menjadi penyerahan yang harus dipungut sendiri. Terbanding mendasarkan koreksinya pada nihilnya data setoran PPN oleh pihak pemungut dalam database otoritas pajak, sehingga menganggap penyerahan tersebut belum terlunasi kewajiban pajaknya.
Namun, PT RI secara tegas membantah argumentasi tersebut dengan merujuk pada ketentuan Pasal 16A UU PPN yang membebankan kewajiban pemungutan, penyetoran, dan pelaporan sepenuhnya kepada pihak Pemungut PPN. Pemohon Banding telah menjalankan kewajiban formalnya dengan menerbitkan Faktur Pajak berkode 020 dan 030 serta melaporkannya dalam SPT Masa PPN April 2020. Konflik semakin menajam ketika Terbanding menerbitkan Keputusan Pembetulan di tengah proses persidangan untuk menambah nilai koreksi, sebuah langkah yang dinilai cacat prosedur dan melanggar jangka waktu Pasal 26 UU KUP.
Majelis Hakim memberikan pertimbangan hukum yang krusial dengan menegaskan bahwa secara substantif, tanggung jawab pemungutan pada transaksi dengan Bendaharawan Pemerintah atau BUMN berada pada pihak pembeli. Kegagalan sistem DJP dalam mendeteksi setoran oleh pemungut tidak serta-merta mengalihkan beban pajak tersebut kepada PKP Penjual. Terkait aspek formal, Majelis menyatakan bahwa Keputusan Pembetulan yang diterbitkan melebihi jangka waktu dan mengubah substansi materi di tengah litigasi adalah tindakan yang tidak sesuai dengan asas kepastian hukum dan Pasal 63 UU Administrasi Pemerintahan.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi kepastian hukum bagi para pengusaha kena pajak yang bertransaksi dengan sektor publik. Majelis Hakim mengedepankan prinsip keadilan substantif dengan mengakui bukti arus uang dan dokumen transaksi sebagai dasar kebenaran penyerahan, meskipun terdapat kendala administratif pada sisi pemungut. Kasus ini menegaskan bahwa PKP penjual tidak boleh dirugikan atas kelalaian pihak pemungut yang berada di luar kendali mereka.
Pada akhirnya, Majelis Hakim mengabulkan sebagian besar permohonan banding PT RI. Putusan ini menjadi pengingat bagi otoritas pajak untuk tidak sembarang melakukan reklasifikasi tanpa bukti kuat adanya kegagalan penyerahan, sekaligus menjadi preseden penting mengenai batas kewenangan otoritas dalam melakukan pembetulan surat keputusan di saat sengketa sedang berjalan di pengadilan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini