Kepastian hukum atas hak kompensasi kelebihan pembayaran Pajak Pertambahan Nilai (PPN) menjadi inti sengketa dalam kasus PT WCI. Terbanding melakukan koreksi Pajak Masukan sebesar Rp32.978.306.554,00 pada Masa Pajak November 2015 dengan dalil bahwa saldo kompensasi dari Masa Pajak Oktober 2015 telah nihil akibat diterbitkannya Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB). Sengketa ini merefleksikan konflik klasik antara administrasi pemungutan pajak yang bersifat sektoral per masa pajak dengan hak substansial Wajib Pajak atas kelebihan pembayaran yang sedang dalam proses hukum.
Konflik bermula ketika DJP menegasikan nilai kompensasi yang dicantumkan PT WCI dalam SPT Masa PPN. Dasar hukum yang digunakan adalah Pasal 12 ayat (3) UU KUP dan Pasal 9 ayat (4) UU PPN, di mana Terbanding berpendapat bahwa SKP memiliki kekuatan hukum yang seketika menghapus saldo kompensasi. Di sisi lain, PT WCI berargumen bahwa koreksi tersebut bersifat prosedural-berantai. Mengingat koreksi pada masa sebelumnya sedang diajukan upaya hukum (Banding), maka saldo tersebut secara material masih eksis dan harus diakui demi keadilan, agar tidak terjadi kerugian finansial yang prematur sebelum ada putusan inkrah.
Majelis Hakim M.IIIB dalam pertimbangannya mengambil pendekatan kebenaran materiil yang komprehensif. Hakim meneliti keterkaitan antara sengketa Masa Pajak November 2015 dengan putusan atas Masa Pajak Oktober 2015 yang diperiksa secara simultan. Karena koreksi pada masa asal kompensasi dinyatakan tidak dipertahankan oleh Majelis, maka secara otomatis alasan Terbanding untuk mengoreksi saldo kompensasi di masa berikutnya menjadi gugur. Pengadilan menegaskan bahwa hak kompensasi adalah hak konstitusional Wajib Pajak yang timbul dari kelebihan bayar yang nyata, yang tidak dapat dihapus hanya karena ketetapan administratif yang terbukti keliru di kemudian hari.
Implikasi dari putusan ini memberikan perlindungan signifikan bagi Wajib Pajak yang menghadapi koreksi "efek domino". Kasus ini menegaskan bahwa sengketa kompensasi sangat bergantung pada hasil akhir dari sengketa masa pajak sumber. Bagi pelaku usaha, putusan ini menjadi preseden penting bahwa dokumentasi arus dokumen (faktur pajak dan bukti bayar) serta konsistensi dalam menempuh upaya hukum di setiap jenjang adalah kunci untuk memulihkan hak kompensasi yang dikoreksi secara berantai. Amar putusan yang mengabulkan seluruhnya banding PT WCI memulihkan posisi PPN Lebih Bayar perusahaan secara utuh.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini