Sengketa pengkreditan Pajak Masukan atas pemanfaatan Jasa Kena Pajak (JKP) dari luar negeri sering kali menjadi titik krusial dalam pemeriksaan pajak, terutama ketika melibatkan transaksi afiliasi yang dikoreksi secara transfer pricing. Dalam kasus PT S, Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi signifikan atas Pajak Masukan dengan dalih bahwa biaya jasa tersebut tidak lulus uji manfaat (benefit test) dalam pemeriksaan PPh Badan, sehingga direklasifikasi sebagai dividen terselubung yang bukan merupakan objek Pajak Pertambahan Nilai (PPN).
Inti konflik terletak pada perbedaan interpretasi mengenai syarat material pengkreditan Pajak Masukan. DJP berargumen bahwa jika suatu pembayaran dianggap sebagai dividen, maka tidak ada penyerahan jasa yang terjadi, sehingga PPN yang telah disetor melalui Surat Setoran Pajak (SSP) dianggap tidak sah. Di sisi lain, PT S menegaskan bahwa eksistensi jasa telah didukung dengan bukti nyata dan penyetoran PPN ke kas negara telah dilakukan sesuai prosedur regulasi yang berlaku.
Majelis Hakim menegaskan bahwa koreksi transfer pricing di ranah PPh tidak secara otomatis menggugurkan hak pengkreditan PPN. Hakim berpendapat bahwa selama PPN telah disetor dan transaksi berkaitan dengan kegiatan usaha, maka hak PT S tetap terlindungi oleh Pasal 13 ayat (1) PP 1/2012. Reklasifikasi menjadi dividen dianggap tidak memiliki dasar hukum yang kuat dalam konteks UU PPN untuk membatalkan status objek pajak atas jasa yang secara faktual dimanfaatkan.
Putusan ini memberikan kepastian hukum bagi pelaku usaha bahwa hak pengkreditan PPN atas jasa luar negeri tidak boleh dianulir secara sepihak melalui mekanisme secondary adjustment tanpa bukti kuat mengenai ketiadaan pemanfaatan jasa. Wajib Pajak disarankan untuk memperkuat dokumentasi bukti pendukung jasa (service deliverables) guna menghadapi potensi tantangan serupa di masa depan.