Sengketa ini bermula dari koreksi Tergugat atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Juni 2019 pada PT SAP sebesar Rp 67.510.739 yang bersumber dari akun Piutang Plasma. Tergugat melakukan equalization dan menemukan adanya pemberian barang serta jasa (gaji buruh dan bahan kimia) dari Perusahaan Inti kepada Petani Plasma yang dianggap sebagai penyerahan kena pajak kepada entitas yang berbeda. Di sisi lain, SAP menegaskan bahwa mereka menerapkan sistem manajemen tunggal di mana kebun plasma bukan merupakan badan hukum terpisah, sehingga biaya tersebut murni merupakan biaya internal perusahaan yang seharusnya tidak terutang PPN.
Konflik meruncing ketika SAP memilih jalur Gugatan melalui Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP setelah permohonan pengurangan atau pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar ditolak oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP). SAP berargumen bahwa ketetapan tersebut cacat secara substansi karena tidak sesuai dengan realita operasional "satu manajemen". Namun, Tergugat membalas dengan argumen formal bahwa Gugatan ini prematur karena Penggugat belum memaksimalkan hak permohonan kedua, serta secara materiil menegaskan bahwa hubungan Inti-Plasma tetap melibatkan penyerahan BKP/JKP antar subjek hukum yang berbeda.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam putusannya mengambil posisi yang sangat prinsipil mengenai batas antara "Banding" dan "Gugatan". Majelis berpendapat bahwa meskipun jalur Gugatan Pasal 36 secara formal dapat diterima tanpa harus mengajukan permohonan kedua, namun substansi yang digugat oleh SAP—yakni pembuktian apakah piutang plasma merupakan objek PPN atau biaya internal—adalah materi sengketa pembuktian fakta (materiil). Sengketa semacam ini seharusnya ditempuh melalui jalur Keberatan dan Banding, bukan melalui mekanisme Gugatan pembatalan ketetapan yang seharusnya lebih berfokus pada kesalahan tulis, kesalahan hitung, atau kekhilafan administratif yang nyata.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa Wajib Pajak harus sangat cermat dalam memilih jalur litigasi. Jalur Gugatan Pasal 36 UU KUP bukanlah "pintu belakang" untuk menguji kembali fakta-fakta substansial yang seharusnya sudah diuji pada tahap Keberatan. Kegagalan SAP dalam membuktikan adanya kesalahan administratif yang nyata dalam penerbitan SKP menyebabkan Majelis Hakim menolak gugatan tersebut, sehingga koreksi DPP PPN tetap dipertahankan. Putusan ini menjadi pengingat penting bagi industri perkebunan mengenai pentingnya dokumentasi hubungan hukum antara Perusahaan Inti dan Plasma sejak awal pemeriksaan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini