Otoritas pajak sering kali menerapkan Pasal 5 ayat (3) PP Nomor 1 Tahun 2012 untuk memungut PPN atas pemakaian sendiri yang dilakukan oleh pengusaha untuk tujuan produktif, terutama jika output akhirnya merupakan barang yang dibebaskan dari pengenaan PPN. Namun, sengketa antara PT MSJ dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menegaskan bahwa landasan hukum tersebut telah gugur secara yuridis pasca Putusan Mahkamah Agung Nomor 64 P/HUM/2013.
Inti konflik dalam kasus ini bermula saat Terbanding melakukan koreksi PPN atas pemakaian sendiri obat-obatan, vaksin, DOC, dan pakan yang digunakan PT MSJ dalam kegiatan produksinya. Terbanding bersikukuh bahwa secara administratif PP 1/2012 masih berlaku karena belum dicabut secara resmi oleh pemerintah. Di sisi lain, Wajib Pajak (WP) berargumen bahwa sesuai Peraturan Mahkamah Agung Nomor 1 Tahun 2011, suatu peraturan yang dinyatakan tidak sah oleh MA akan kehilangan kekuatan hukumnya secara otomatis jika tidak dicabut dalam waktu 90 hari.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam resolusinya sepakat dengan argumen Wajib Pajak. Hakim menegaskan bahwa karena Pasal 5 PP 1/2012 telah dinyatakan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat oleh MA, maka ketentuan tersebut tidak dapat lagi dijadikan dasar hukum koreksi. Pemakaian sendiri untuk tujuan produktif (untuk menghasilkan barang yang PPN-nya dibebaskan) seharusnya tidak terutang PPN sesuai dengan ruh Penjelasan Pasal 1A ayat (1) huruf d UU PPN.
Analisis atas putusan ini menunjukkan dampak signifikan bagi pelaku usaha agribisnis dan sektor lainnya yang memiliki struktur penyerahan dibebaskan PPN. Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa efektivitas sebuah regulasi tidak hanya bergantung pada pencabutan formal oleh eksekutif, tetapi juga pada kepatuhan terhadap hierarki hukum dan putusan yudisial. WP kini memiliki posisi tawar yang lebih kuat dalam menghadapi koreksi serupa yang hanya bersandar pada regulasi yang sudah dinyatakan cacat hukum oleh Mahkamah Agung.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini